Работы проводились в середине 1920-х годов. Были готовы проекты реставрации церкви и голицынских палат. В натуре удалось осуществить лишь раскрытие архитектуры фасадов палат Троекуровых и реставрацию центрального ризалита дома Голицыных. Здесь наглядно был продемонстрирован уже примененный на реставрации Болдина монастыря метод восстановления уничтоженного архитектурного декора древних зданий по остаткам (хвостам) кирпича, сохранившимся в толще коренной кладки, путем их наращивания до стандартного размера. Это выдающееся открытие – «метод Барановского» – позволявшее с математической достоверностью воссоздавать подлинный облик памятников древнерусского зодчества, положило конец «романтической» реставрации в России. Вот уже почти целое столетие этот метод широко применяется в отечественной реставрационной практике как единственно научный.
В начале 1920-х годов Барановский разрабатывает предложения по созданию музея памятников русского деревянного зодчества под открытым небом на территории Коломенского. Став директором музея, он разыскивает по всей стране и свозит на территорию села уникальные деревянные постройки. Так здесь появились «медоварня», домик Петра Первого, проездная башня Николо-Корельского монастыря. Перевезена была также башня Сумского острога, восстановленная на территории музея-заповедника лишь шесть лет назад. Возвращается исторический облик и памятникам самого Коломенского.
Кроме этого в музее собираются предметы приказного делопроизводства и декоративно-прикладного искусства, монтируется иконостас с многочисленными иконами в храме Вознесения. Разрабатываются тематико-экспозиционные планы и организуются выставки историко-просветительского, патриотического содержания. Такая активность, нежелание поступаться принципами таили в себе немало опасностей и послужили впоследствии поводом к обвинениям ученого в аполитичности. Русофобия под маской борьбы с «русским шовинизмом» в конце 1920-х годов уже набирала силу.
Образ Москвы боярской, Москвы православной тогдашние власти явно не устраивал. Первыми жертвами радикального переустройства столицы на новый лад становятся древние московские храмы. Одними из первых сносятся церковь Архидьякона Евпла на Мясницкой, Рождества в Столешниках, Трех Святителей у Красных ворот и сами Красные ворота.
Масштабные разрушения намечались в Кремле. Летом 1929 года в числе «приговоренных» оказались Чудов и Вознесенский монастыри с захоронениями митрополита Алексия и некрополем женской части правящих династий России. Соратник и товарищ Ленина старый большевик и тогдашний директор Ленинки Владимир Иванович Невский-Кривобоков в своем письме к Сталину в июне того года писал о недопустимости уничтожения величайших памятников русской истории и культуры. «Прежде всего, эти сооружения – дивные произведения русской архитектуры XV, XVII и XVIII веков, … там имеются и произведения русских мастеров XV века, удивительные фрески и архитектурные образцы невиданного совершенства», - напоминал Владимир Иванович.
Не сомневаясь в антирусском характере задуманной акции, Невский выдвигает в защиту кремлевских святынь недопустимые для того времени, политически «незрелые» и чрезвычайно опасные соображения национал-патриотического свойства: «Непонятно, почему в таком удивительном памятнике, какой представляет собой весь Кремль, нужно уничтожить отдельные его части, когда мы сохраняем где-нибудь в Казахстане или Армении аналогичные памятники, стоящие изолированно. Если нет никакого шовинизма в том, что коммунисты оберегают в этих республиках произведения трудящихся этих национальностей, то почему необходимо разрушить произведения трудящихся РСФСР... Не думаю, чтобы французский пролетариат, взявши власть, стоял за разрушение Notre Dame или Лувра». Но это не помогло – ансамбли Чудова и Вознесенского монастырей были стерты с лица земли.
Барановский стал невольным свидетелем уничтожения Михаилоархангельского собора Чудова монастыря в ночь на 17 декабря 1929 года, о чем рассказал одному из своих биографов. Тогда, мучаясь бессонницей от недобрых предчувствий, он из окна квартиры на Софийской набережной увидел вспышку и услышал грохот взрыва, превратившего кремлевскую святыню в груду развалин.
Потери следуют одна за другой. Сносятся церкви Николы в Мясниках и Параскевы Пятницы в Охотном ряду вместе с палатами Голицыных. Был взорван храм Христа Спасителя, а заодно смахнули и рядом стоящую церковь Похвалы Богородицы. Уничтожается большая часть Симонова монастыря, где Барановский успел поработать директором Музея военно-крепостной обороны Московского государства. Здесь он сделал замечательное открытие: обнаружил в кладке главного Успенского собора XVI века и исследовал фрагменты белокаменного раннемосковского храма начала XV века. И все это вскоре пошло прахом.