Началась Великая Отечественная война. 23 сентября 1941 г. на территорию парка вступили германские войска, и начались бои с применением артиллерии. Чтобы отбить Петродворец обратно, из Кронштадта в него был высажен морской десант, который закончился неудачно. Все это привело к огромным разрушениям. 19 января 1944 г. войска Ленинградского фронта освободили город. Взорам бойцов предстала ужасная картина. На 102 гектарах былого царства красоты не было живого места. Гнетущая и неестественная тишина замерла над хаосом, запустением и руинами. Чтобы объективно оценить степень разрушений, надо посмотреть на фотографии, сделанные в Петродворце сразу после вступления туда советских войск. Многим вполне здравым людям с горечью думалось: восстановить дворцово-парковый комплекс уже невозможно. Да и нельзя их было осуждать за столь печальные выводы. Однако нашлись и оптимисты. 31 января 1944 г. в город приехала главная хранительница дворцов и музеев Петродворца М.А. Тихомирова. К воротам Верхнего сада ее подвезла машина с морскими пехотинцами, ехавшими на фронт. И когда Мария Александровна пошла к входу в парк, ей вслед раздался возглас одного из моряков: «До свиданья на открытии фонтанов!».
Видимо, и не мыслил по-другому боевой балтиец. Да и как могло быть иначе: Петродворец всегда был и будет городом фонтанов. Он ему снился в довоенных походах, он представлялся ему в недавних боях.
По-другому нельзя объяснить мысли двух саперов. Они пришли в дирекцию и предложили свои услуги. Дело в том, что возникла проблема. Правый пилон ворот в верхний сад сохранился. Однако под ним выявили заложенный фугас, а в верхней части пилона накрепко вгнездился неразорвавшийся 8-дюймовый снаряд. Положение объекта было предопределено: он должен быть подорван. И тут появились два сапера и предложили ликвидировать «сюрпризы» без взрыва. Для начала они попросили выделить им лестницу, санки, лопату, лом и кувалду. В итоге не успели представители дирекции, опасаясь взрыва, обомлеть от страха, как добровольцы пустили в дело свой инструмент. Особенно впечатляющими оказались удары кувалдой по снаряду. Его просто извлекли, положили в санки и увезли. Саперы уехали, а их фамилии так и не записали. Сколько же еще таких неизвестных энтузиастов помогли ускорить возрождение Петродворца и других разрушенных памятников архитектуры!
Восстановление, а правильнее сказать - воссоздание этого дворцово-паркового комплекса имело для нашего народа особый смысл, и оно началось незамедлительно несмотря на продолжающуюся войну. Саперы под командованием Г.А. Иванова и П.В. Елынина, сотрудники музея во главе с М.А. Тихомировой и Я.И. Шурыгиным работали вместе. Первые разыскивали и обезвреживали мины, вторые - собирали осколки и кусочки бывшего убранства дворцов и фонтанов, чтобы по ним воссоздать былую красоту. Это был кропотливый и опасный труд. Потом настала очередь гигантских по объему земляных работ. Гитлеровцы спилили тридцать тысяч вековых деревьев, а значит столько же пней нужно было выкорчевать и посадить новые деревья. Больше трехсот дотов, дзотов и блиндажей впились в землю, значит, все они были разобраны, а ямы из-под них засыпаны и выровнены. Траншеи, окопы, ряды колючей проволоки опутали территорию парка. Был уничтожен дренаж, лужайки и цветники. Кругом противотанковые рвы и воронки от взрывов. А во всем этом нагромождении таились неразорвавшиеся мины и снаряды. Были и жертвы: освобождая бассейн фонтана «Солнце», погиб сержант Гурий Севрюгин. Тем не менее памятник возрождался. Тысячи ленинградцев добровольно и безвозмездно трудились в нижнем парке, ибо велико было их желание вдохнуть жизнь в былую красоту. Хотя большинство из них было истощенно во время блокады города.
17 июня 1945 г. состоялось народное гуляние в Петродворце. Именно тогда стало ясно: памятнику русской славы жить дальше! Первый послевоенный праздник открытия фонтанов прошел в воскресенье 25 августа 1946 г. Аплодисменты десятков тысяч зрителей слились с шумом струй семидесяти шести заработавших фонтанов, отремонтированных в первую очередь. А неутомимым мастерам уже везли для работ 2 кг 2 гр 93 миллиграмма золота, лично выделенного по приказу первого заместителя Председателя Совета Министров В.М. Молотова. Оно предназначалось для покрытия скульптур, которое было выполнено в том же году. 31 августа 1947 г., в яркий теплый день уходящего ленинградского лета по городу вслед за тягачом двигалась приземистая платформа. На ней, сияя новой позолотой, гордая и непобедимая, возвращалась на своё место скульптура Самсона, чтобы вновь радовать миллионы людей.