Начало исполнения С. Ивановым обязанностей министра обороны ознаменовалось рядом катастроф и трагических инцидентов в армии. Неожиданно сгорела станция управления орбитальной группировкой предупреждения о ракетном нападении, в результате Россия полностью утратила возможность принимать меры защиты в случае ракетной атаки. При министре Иванове продолжилась сложившаяся при предыдущих министрах обороны традиция объяснять взрывы складов боеприпасов попаданиями в них шаровых молний. Шаровая молния уничтожила армейский склад артиллерийских и реактивных снарядов в окрестностях г.Нерчинска в Читинской области, следующая молния подожгла крупный склад боеприпасов в Бурятии.
Прославился С. Иванов тем, что произвел ряд перестановок в министерстве обороны и отправил в отставку генерала Леонида Ивашова, начальника главного управления международного военного сотрудничества. Главным кадровиком МО назначил выходца из ФСБ. В его период командования чеченские боевики сбили над Грозным вертолет, в котором погибли 2 генерала и 8 полковников Генерального штаба.
Следующий славный подвиг С. Иванова — во время совместных российско-украинских стрельб в 31-м испытательном центре Черноморского флота России на мысе Опук в Крыму ракета украинской ПВО вместо боевой мишени поразила летевший из Иерусалима в Новосибирск российский пассажирский самолет, погибло 78 человек. Первоначально украинские военные пытались отрицать свою вину, в чем были поддержаны С. Ивановым - до тех пор, пока истина не раскрылась. С. Иванову удалось заретушировать тот факт, что учения были совместными и что украинская ракета взлетела с территории российской базы.
Этот «специалист» взял на себя ответственность за решение президента В. Путина ликвидировать радиоэлектронный разведывательный центр на Кубе, заявив, что оно было «
Одной из наиболее заметных проблем министерства обороны было и остается бегство солдат из армии, объясняемое в большинстве случаев издевательствами офицеров и «дедовщиной». На очередное коллективное бегство 24 военнослужащих из воинской части в Ленинградской области С. Иванов отреагировал публичными обвинениями в адрес «
С. Иванов не пользовался доверием в среде кадровых военных, считавших, что министр-чекист находится не на своем месте и занимается не своим делом. Президент везде расставляет своих «карманных друзей» и, видимо, хочет иметь на ключевых постах в силовых структурах недалекий и управляемый контингент. Ряд оппозиционных организаций, состоящих в основном из отставных военных (Союз офицеров, Союз советских офицеров, Движение в поддержку армии, Союз казаков, Ассоциация ветеранов подразделений специального назначения и специальных служб "Вымпел-Союз" и другие) выступил с инициативой выражения недоверия С.Б. Иванову как министру обороны.