Должны быть установлены интерактивные процедуры совместной (науки, государства и бизнеса) разработки долгосрочных прогнозов и концепций, среднесрочных программ и индикативных планов достижения согласованных и утвержденных целей развития. Целесообразно законодательно установить методы контроля и механизмы ответственности всех участников стратегического планирования на началах частно-государственного партнёрства за выполнение согласованных мероприятий и задач. Особо важна интеграция в систему государственного стратегического планирования институтов развития, крупных корпораций, компаний и банков. Следует установить целевые показатели работы государственных институтов развития, банков, корпораций и агентств по направлениям их деятельности, предусматривающих создание конкурентоспособных на мировом рынке производств нового технологического уклада, а также ввести механизмы реальной ответственности за их своевременное достижение.
С учётом значения системы стратегического планирования и того обстоятельства, что Правительство РФ как центральный орган исполнительной власти загружено текущими задачами и не может формулировать стратегические цели и контролировать их достижение, целесообразно создать Государственный комитет по стратегическому планированию при Президенте Российской Федерации, наделив его соответствующими полномочиями.
В целях реализации системного подхода к управлению НТП, сквозного и всемерного стимулирования инновационной активности целесообразно создание надведомственного федерального органа, отвечающего за разработку государственной научно-технической и инновационной политики, координацию деятельности отраслевых министерств и ведомств в её реализации — Государственного комитета по научно-техническому развитию Российской Федерации при Президенте России.