В 1995 году лютеранско-католическая комиссия по единству подготовила "Совместную декларацию относительно учения об оправдании", подписанную в 1999 г. в Аугсбурге, положившую конец взаимным доктринальным осуждениям и богословским спорам и заявившую, что взаимные осуждения ХVI века между лютеранами и католиками не применяются. Оценивая это соглашение, профессор теологии при Католическом университете Вашингтона И.Комочак отметил тогда, что это означает, что доктрина Лютера больше "не является достаточно серьёзным источником различий между католиками и лютеранами, дабы оправдать разделение церквей" и что этот документ стал "одним из самых важных экуменических моментов нашего столетия". В итоге сближение между католиками и лютеранами продвинулось так далеко, что стали служить совместные католическо-лютеранские мессы.
При Бенедикте ХVI состоялось первое возвращение нескольких англиканских общин под власть папы римского. В 2009 г. была подготовлена специальная Апостольская конституция "Anglicaorum Coetibus", предусмотревшая создание особой церковной структуры, позволяющей англиканам переходить в католическую веру. В соответствии с ней, англикане могли получить статус "персональных ординариатов", сохраняющий не только их традиционные службу, дисциплину и богословие, но и частичную автономию, при которой общины будут вне юрисдикции местных католических епископов и подчинены собственным епископам. Особую роль в сближении между католиками и англиканами призван был сыграть приезд Бенедикта ХVI в Великобританию, состоявшийся в сентябре 2010 г. Он носил статус государственного визита с пастырскими элементами, поэтому в подготовке его участвовали и католические общины Великобритании, и государственные органы власти. За четыре дня визита папа встретился с представителями многих общин и разных религий, формирующих английское общество, но главным событием, ради которого и была предпринята данная поездка, стало участие папы в церемонии причисления к лику блаженных известного английского теолога и церковного деятеля ХIХ в. Джона Генри Ньюмена, перешедшего из англиканства в католицизм. Практическим результатом визита стало создание в январе 2011 г. персонального ординариата Уолсингемской Девы Марии, объединившего англикан Англии и Уэльса, перешедших под омофор папы римского, но сохранивших свой обряд и свою иерархию. Прецедент был создан, и папа показал, что в рамках католической церкви может пребывать и некатолическое сообщество.
При папе-иезуите Франциске, известном своим дружескими отношениями с евангеликами, процесс сближения с протестантами ускорился. Франциск исходит из того, что с подписанием декларации 1999 г. Реформация закончена и главная задача — достижение реального единства, для чего в отношении различных протестантских направлений рассматриваются такие же формы объединения, которые созданы для англикан. Но главную надежду на решительный поворот в отношениях с протестантами Франциск возложил на 500-летний юбилей Реформации, который он рассматривает как прекрасную возможность признать протестантские общины "истинными церквами", а протестантов — "истинными христианами", а не "разделёнными братьями". Более того, как проговорился профессор Христианской баптистской семинарии в Луисвиле Грег Элисон, посетовавший на остающиеся между ними различия, понтифик намерен объявить об окончании Реформации, удалить все анафемы, и, таким образом, Реформацию можно будет считать законченной.
В целях подготовки к этому событию ещё в июне 2013 г. было принято решение о совместном праздновании 500-летия Реформации, что было сделано по случаю опубликования Всемирной лютеранской федерацией и Ватиканом 90-страничного документа "От конфликта к общению", в котором они установили взаимную ответственность за произошедший раскол. Уже тогда команда Бергольо стала серьёзно готовиться к юбилею. В октябре 2016 г. в интервью, опубликованном в иезуитском журнале "Civilta Cattolica", Франциск заявил, что католики могут многому научиться у Мартина Лютера, так как тот "сделал большой шаг к тому, чтобы передать Слово Божие в руки людей". Лютер, по его словам, намеревался реформировать "сложную ситуацию" в церкви, но из-за политических соображений его усилия вызвали "состояние разделения, а не процесс реформы всей Церкви". То есть он дал понять, что Лютер всё делал правильно, и его дело необходимо продолжить. То, что Лютер стремился к "обновлению церкви", а не к её разделению, Франциск повторил и на встрече с экуменической делегацией из Финляндии, когда, призвав к искреннему покаянию за проступки и к дальнейшему сближению в вопросах богословия и этики, он подчеркнул, что в совместном свидетельстве они "как христиане больше не разделены, а соединены" и находятся "на пути к полноте общения".