В 1938 году, будучи инструктором ЦК партии, Пономаренко не побоялся вступить в конфликт не только со своим прямым начальником — влиятельным Маленковым, отвечавшим в Политбюро за работу с кадрами, но и с Берией, сменившим Ежова на посту руководителя НКВД. Посланный в Сталинград изучить обоснованность дел, возбужденных против группы "врагов народа" он после тщательной проверки счел их сфабрикованными и, заручившись поддержкой секретаря обкома Чуянова, сразу же выпустил почти всех арестованных на свободу. И продолжал стоять на своем, даже когда Маленков вместе с тогдашним руководством НКВД пригрозили ему суровыми мерами за проявленное "самоуправство". Дошло до Сталина. Но он, одернув Маленкова, неожиданно поддержал молодого инструктора, расценив его поведение как пример "большевистской принципиальности".
Уже в годы войны Пономаренко вышел победителем из нескольких стычек с Берией и Хрущевым. Первый хотел сделать своего заместителя Сергиенко руководителем Штаба партизанского движения, второй, будучи главой партийной организации Украины, пытался исправить в ее пользу границу с Белоруссией. Начальником Штаба, однако, стал Пономаренко, предложивший Политбюро куда более продуманную и масштабную программу развертывания партизанского движения, чем ставленник Берии, Добиться же изменения границы Хрущеву не удалось — аргументы Пономаренко, отстаивавшего интересы Белоруссии, выглядели куда более убедительными, о чем Сталин без обиняков сказал уверовавшему в свою победу Хрущеву. Вот тогда-то мстительный Никита, потерпевший неожиданное поражение от казавшегося ему незначительным Пономаренко, и затаил злобу на "выскочку", пользовавшегося явным расположением "вождя народов". Малообразованного и малограмотного, не умевшего самостоятельно написать ни строчки Хрущева раздражала и широкая образованность, начитанность и эрудиция белорусского партийного деятеля, который наряду со Ждановым слыл в тогдашнем руководстве страны "интеллектуалом". Хорошо знавший обоих Л. Брежнев, называл Пономаренко "антиподом Хрущева". И они действительно были антиподами во многом.
Когда Сталин, направлявшийся на Потсдамскую конференцию в Германию, заехал в Минск, он после долгой беседы с Пономаренко, возглавлявшим белорусскую партийную организацию, пригласил его в Потсдам. Тот отказался, сославшись на неотложные дела в республике, но пообещал заехать позднее. И хотя Сталин ожидал его в Потсдаме и даже приготовил специальный домик недалеко от своей резиденции, Пономаренко так и не приехал — ситуация в Белоруссии была для него важней. Хрущев бы примчался к Сталину в один момент, бросив все дела...
Итогом беседы Хрущева с Берией стало обоюдное согласие противодействовать приходу к государственному рулю сталинских выдвиженцев, в первую очередь Пономаренко. Такой же негласной, но вполне определенной поддержкой пронырливый "Никита", занимавший весьма удобный для подобных контактов пост руководителя московской партийной организации, заручился и со стороны Маленкова, с которым этот вопрос обсуждался уже несколько раз.
Смерть Сталина была неожиданной. О ее возможных причинах высказано немало разных предположений. Преобладающая версия насильственного устранения вождя его испугавшимися грядущей чистки соратниками, однако, маловероятна. Сталин был живой "бог", страх и почтение к нему у каждого члена руководства были в самой крови, в генах. Поднять руку на бога мог лишь отчаявшийся безумец, а таковых в руководстве страны просто не было. Другое дело — начатая вождем "плавная" смена руководства. Вот тут — то "старая гвардия" могла, преодолев свои разногласия, личные симпатии и антипатии, единым фронтом выступить против завещания своего вождя. И она действительно, объединившись, пошла "ва-банк".
Сталин, как известно, умирал несколько дней. 5 марта 1953 года, когда, согласно официальным сообщениям, он был еще жив, находясь, однако, в безнадежном состоянии, в Кремле состоялось совместное заседание Пленума ЦК КПСС, Совета Министров и Президиума Верховного Совета СССР. "Старая гвардия", подготовленная к отпору сталинским выдвиженцам закулисными "челночными" интригами Хрущева, активно поддержанного Маленковым и Берией, взяла на нем полный реванш. Расширенный состав Президиума ЦК был упразднен, из него были выведены молодые кадры. Представителей молодого поколения также удалили из Секретариата ЦК. Молотов и Микоян, напротив, вновь были введены в Бюро Президиума ЦК. Естественно, о сталинском решении сделать главой Правительства Пономаренко больше никто не вспоминал. Самого Пантелеймона Кондратьевича вывели из состава высшего партийного руководства и направили "по нисходящей" — сначала министром культуры, затем подальше в Казахстан, а потом и в почетную отставку — на посольскую работу за рубежом. Своих ключевых постов лишились Малышев, Первухин и Сабуров, которых "перевели" в рядовые министры.