Адмирал Верховский создал Комиссию по изучению Северного морского пути, о чем доложил новому морскому министру, вице-адмиралу И.М. Дикову письмом от 16 июня 1906 года. В нем он докладывал: "Выводы, к которым я пришел, следующие: было бы потерей времени говорить о возможности перехода из Белого моря через Берингов пролив в Тихий океан. Возможность эта доказана на практике (Норденшельд). Несравненно большим числом плаваний доказана возможность перехода из Белого моря в устье Лены, плавание же к устьям рек Енисея и Оби, по своей доступности, в настоящее время не считается даже вопросом.
По мнению генерал-майора Вилькицкого, мнению, основанном на личном десятилетнем опыте и основательном изучении этого предмета, вопрос о свободном переходе через Берингов пролив в Тихий океан представляется в таком виде". Здесь далее адмирал Верховский пишет о том, что меньше изучен путь протяжением в 900 миль вокруг берегов полуострова Таймыр. Адмирал ссылается на офицеров экспедиции Толля, Коломейцева, Колчака и Матисена, которые характеризуют путь вокруг Таймыра, изобилующий множеством островов, носящих характер шхер с плесами, бухтами и с природными, очищенными ото льда стоянками. Там же адмирал Верховский пишет: "Эти офицеры, и подобные им, составляющие счастье Русского государства и Морского ведомства, не сомневаются, что указанные средства окупятся скоро". И там же: "Можно утверждать, с вероятностью почти в 100%, что через два года (…) русские отряды и эскадры боевых кораблей будут ежегодно делать переходы Ледовитым океаном во Владивосток, переплывая скорее и с меньшими расходами 400 миль, чем теплыми водами 12 000 миль. Для открытия Россией этого короткого морского пути ничего кроме знаний не требуется, а эти хотя бы небольшие, но положительные знания можно приобрести только путем практического исследования, для чего необходимо снарядить экспедицию. Все дело в решимости начать.
Такие речи в устах ответственных адмиралов после Цусимы звучат, как победная песнь. Никогда после Великой Северной русские военные моряки не работали с такой удесятеренной пассионарной энергией. За год они теперь делали то, что умещалось в десять лет. А за последние десять лет, перед 1917 годом, военные моряки прошли, считай, почти столетний путь в сравнении с XIX веком.
Когда-то Карл фон Клаузевиц имел мудрость и мужество заявить, что разгром Пруссии Наполеоном под Йеной "было подарком судьбы". Пруссия не сникла, но преобразилась и заработала с неслыханной энергией над укреплением Пруссии и ее Вооруженных Сил. В русском военном флоте нашлись силы, которые, несмотря на горечь Цусимы, восприняли ее, как исторический вызов России, на который она даст достойный ответ и создаст первый в мире флот. Офицеры, о которых писал Верховский, "составляющие счастье Русского государства", стали со времен Великой Северной экспедиции ведомые иеромонахами ледовыми лоцманами Святой Руси. По мнению одного из ледовых лоцманов Руси Александра Колчака, автора солидной монографии "Лед Карского и Сибирского морей", которую цитируют по всему миру, арктический пак занимает основную площадь полярного бассейна. "Под термином арктический пак, — пишет Колчак, — я подразумеваю многолетний, большей частью набивного образования лед, в преобладающей форме полей, т.е. площадей, границу которых с корабля определить нельзя". Колчак первый описал трехтысячеверстную "Великую сибирскую полынью", таинственную и волнующую. Именно эта полынья когда-то остановила собачьи упряжки лейтенанта Анжу. По мнению Колчака, Сибирская великая полынья располагается на границе развитого берегового припая и области арктического пака, расположенной вблизи Новосибирских островов. Полынья может иметь большую или меньшую ширину и длину, а временами даже исчезать вовсе, когда окраина пака продвигается вплотную к береговому припаю, пишет В.В. Синюков в книге "Колчак".
Не предания ли поморов о протяженной великой полынье привели Ломоносова к мысли о громадных пространствах чистой воды в арктической шапке. Колчак воспринимал свое служение России, как религиозное, а свою роль "Верховного правителя", как миссию, посланную Небом, а себя — орудием Божиим.
29 мая 1908 года Император Николай II подписал приказ о назначении Матисена командиром военного транспорта "Таймыр", а Колчака командиром транспорта "Вайгач". Весной 1909 года оба транспорта ледового класса спущены на воду в Петербурге специально для исследовательских плаваний по Северному морскому пути.
28 октября 1909 года оба транспорта покинули Кронштадт и южным путем через Суэц направились во Владивосток, куда прибыли 3 июля 1910 года. В августе "Таймыр" и "Вайгач" после ремонта и доводки котлов направились к Берингову проливу. В октябре капитан 2 ранга Колчак вызван в Петербург. Ему начальник Морского Генерального штаба князь Ливен предложил высокую должность начальника 1-й оперативной части Морского Генерального штаба. На языке соратников фон Мольтке такая должность именовалась "Первый офицер штаба".