После смерти Ленина основное внимание Иосифа Сталина было направлено на борьбу с оппозицией. Суть её заключалась в том, чтобы добиться исправления своих оппонентов, признания ими своих ошибок, возвращения на путь партийности. Работа велась только партийными методами: дискуссии, партчистки, исключения из партии. И только после 1927 года, когда вожди оппозиции организовали антисоветскую демонстрацию в день празднования 10-летия Октябрьской революции, Троцкий был выдворен из СССР, а его сообщники (Зиновьев, Каменев, Радек, Бухарин и др.) стали направляться в ссылку. Однако после возвращения из ссылки они восстанавливались в партии и назначались на ответственные должности.
Как справедливо отмечает Андрей Фурсов, десталинизаторы записывают в годы "сталинских репрессий" все послереволюционные годы, когда Иосиф Сталин не был номером Первым в стране и не мог единолично решать вопрос о том, как и кого репрессировать, даже если эти лица планируют его свержение. Ситуация изменилась лишь в первой половине 30-х годов после разгрома оппозиции. Именно в эти годы Сталин открыто высказывал свою позицию в отношении церкви и принял конкретные меры по прекращению беззакония в отношении духовенства.
12.09.1933 года Политбюро приняло постановление, в котором говорилось, что в 20-е–30-е годы в Москве и на территории прилегающих районов полностью уничтожено 150 храмов, а 300 переоборудованы в заводские цеха, клубы, общежития, тюрьмы, изоляторы и колонии для подростков и беспризорных. Планы архитектурных застроек предусматривают снос ещё более 500 оставшихся храмов и церквей... "ЦК считает невозможным проектирование застроек за счёт разрушения храмов и церквей, которые являются памятниками архитектуры древнерусского зодчества. Органы Советской власти и рабоче-крестьянской милиции обязаны принимать меры вплоть до дисциплинарной и партийной ответственности по охране памятников архитектуры древнерусского зодчества".
Позднее (11.11.39) Политбюро ЦК приняло ещё одно постановление об отношении к религии, служителям Русской Православной Церкви и православно верующим. В нём чётко указывалось:
"1. Признать нецелесообразным впредь практику органов НКВД СССР в части арестов служителей русской православной церкви, преследования верующих.
2. Указание товарища Ульянова (Ленина) от 1 мая 1919 года за № 13666-2 "О борьбе с попами и религией", адресованное председателю ВЧК товарищу Дзержинскому, и все соответствующие инструкции ВЧК-ОГПУ-НКВД, касающиеся преследования служителей русской православной Церкви и православно верующих, отменить.
3. НКВД произвести ревизию осуждённых и арестованных граждан по делам, связанным с богослужительской деятельностью. Освободить из-под стражи и заменить наказание на не связанное с лишением свободы осуждённым по указанным мотивам, если деятельность этих граждан не нанесла вреда советской власти".
Оба постановления подписал Секретарь ЦК Иосиф Сталин.
Окончательное решение об отношении государства к религии принято Сталиным на приеме иерархов Русской Православной Церкви 4 сентября 1943 года. После многих лет забвения церковных нужд и гонений, устроенных "его соратниками", он открыл РПЦ широкую дорогу, восстановил соборное единство и Патриаршество. За десять последующих лет было открыто 22 000 приходов — это чуть меньше, чем в нынешнее время за двадцать лет. Была открыта Троице-Сергиева Лавра — центр русской духовности, а также Духовная академия при ней. Стали чаще и массовыми тиражами публиковаться издания Московской Патриархии.
В 2012 году вышла в свет книга П.Победоносцева "Сталин и Церковь глазами современников: патриархов, святых, священников". Эта книга переворачивает нынешнее представление о Сталине, как о гонителе церкви. Об этом свидетельствуют святейшие патриархи Московские и Всея Руси — Сергий (Старогородский) и Алексей I (Симанский), а также ныне официально канонизированные общероссийские святые РПЦ: святитель Лука (Войно-Ясенецкий), архиепископ Крымский, святая блаженная Матрона Московская, которая благословила Сталина на победу в Великой Отечественной войне.
Суть их свидетельств сводится к тому, что Сталин никогда не был воинствующим безбожником и инициатором гонений на Церковь. Одиннадцать лет, проведённых им в молодости в духовном училище и семинарии, не прошли даром. По общему мнению святителей и священников того времени, знавших его лично, Сталин был верующим, исповедовался и причащался. Его труды и речи, легко запоминающиеся и доступные восприятию самого простого человека, были весьма схожи с проповедями, несли неизгладимые черты церковной логики. Способ выражения мыслей, манера его писем напоминали послания известных духовников. Он умел выслушивать собеседника, вызвать на откровенные признания. Многие современники подчеркивали скромность его одежды, бытовую неприхотливость, простоту пищи. Нет области, куда бы не проникал взор Сталина. Как человек гениальный, он в каждом деле открывал то, что было невидимо и недоступно для обыкновенного ума.