Основной же комплекс документов Смоленского партархива оказался в руках противника. Из захваченной ими части 541 дело было отделено от общей массы документов, скорее всего для использования в антисоветской пропаганде. По хронологии дела распределялись следующим образом: 1917–1920 гг. — 24 дела; 1921–1924 гг. — 49 дел; 1925–1928 гг. — 124 дела; 1929–1932 гг. — 122 дела; 1933–1936 гг. — 156 дел; 1937–1941 гг. — 50 дел; разные годы — 16 дел. Но отделение дел было произведено впоследствии, а пока вместе с книгами всех смоленских библиотек оставшиеся в городе архивные документы были свезены в здание Смоленского собора, а затем вывезены в Польшу. Известно, что только за 9 месяцев 1943 года оккупанты смогли вывезти из Смоленска 4 железнодорожных вагона, набитых архивными документами. Правда, и хлопот с этим архивом им досталось прилично. Так, 19 марта 1943 года руководитель Главной рабочей группы «Остланд» д-р Нерлинг в направленном в Берлин отчете о поездке руководства группы в Смоленск в своем рапорте указал: «Перевозка коммунистического партийного архива из Смоленска в Вильну, стоившая много времени и труда, тем не менее закончилась. Архив прибыл в Вильну в хорошем состоянии». Другой представитель группы, айнзатцфюрер Немцов, 2 мая 1943 года в новом рапорте уточнил: «Последние акты партийного архива, находящиеся в Аврамиевском монастыре, 30 апреля были отправлены в Вильну, так что весь партийный архив находится теперь там». То есть сначала немцы перевезли Смоленский архив в Вильнюс и только потом в Баварию. В феврале 1945 года на станции Пщина, более чем в сотне километров от Кракова, частями 4-го Украинского фронта были отбиты у противника вагоны с архивными документами. Среди них оказались и документы Смоленского партийного архива. Уже в апреле документы, погруженные в несколько железнодорожных вагонов, вернулись в Смоленск. А вот отобранный массив, тот самый из 541 дела, оказался гораздо западнее — в Баварии и после победы попал в руки командования американских войск. С 1947 года и до возвращения в Россию эти документы находились в Национальном архиве США в Вашингтоне.
Так как же все эти документы попали к противнику?
15 июля в 17 часов к Смоленску подошли основные силы 29-й моторизованной дивизии противника и, развернувшись в боевой порядок, начали наступление на город с трех сторон: вдоль Рославльского, Киевского и Краснинского шоссе.
К 20 часам немецкие части с боями вошли в центральную часть Смоленска. Через час немцы появились со стороны Рославльского шоссе. В 24.00 был взорван новый мост через Днепр, а через 2–3 часа взорван старый мост.
На рассвете противник форсировал Днепр в районе Колхозной площади и Рачевки, после чего начались бои за северную часть города. В течение всего дня противнику удалось переправиться на северный берег Днепра и овладеть основной частью города. В этот же день в оперативном окружении оказались три советские армии: 19-я, 20-я и 16-я.
Такое стремительное наступление вполне естественно породило панику и не только среди бойцов и командиров. В большей степени это коснулось советских чиновников, которые, бросая все, спешили убежать из города. Таким образом, вступление передовых частей противника в город, уличные бои в городе, окружение советских армий стали главными причинами как невозможности эвакуации партийного архива, так и уничтожения.
Со всем этим и пришлось разбираться комиссии Шкирятова, которому помогали по своей линии нарком внутренних дел Л. П. Берия и начальник ГУКР СМЕРШ НКО СССР B.C. Абакумов. Многое пришлось изучить и расследовать их подчиненным. Естественно начали они это расследование с самых первых дней войны.
Например, пришлось обратиться к материалам «военно-экспертной комиссии по вопросу оставления Смоленска нашими войсками 15–16 июля 1941 г.», возглавляемой генералом И. П. Камерой.