Виктор Семёнович возглавил Управление особых отделов в самом начале войны, когда военная контрразведка только начинала вставать на ноги, решая порой абсолютно новые задачи методом проб и ошибок. Нередко он лично сам подбирал людей, создавая вокруг себя работоспособную команду, легко выдвигал тех, кто показывал хорошие результаты и, на его взгляд, был перспективен. Сам же Абакумов осваивал свою новую должность, учился вместе со своими подчинёнными. А ведь именно в годы Великой Отечественной войны военная контрразведка сделала огромный шаг вперёд.
Подчинённые Абакумова прежде всего отмечали в нём крепкую хватку. Начальник всегда требовал беспрекословного исполнения своих указаний и никогда не забывал о данных поручениях. Более того, он никогда не отказывался от принятого решения, твёрдо настаивая на своём. И ещё. Виктор Семёнович довольно часто на основе мельчайших деталей делал правильные выводы и принимал верные решения. Чутьё у него было развито неплохо. Основное внимание уделял розыскной работе, неплохо её знал. Был резким человеком и всех своих начальников отделов в центре, всех начальников управлений на фронтах жёстко держал в руках. Послаблений в работе от Абакумова ждать не приходилось.
По штатам центрального аппарата Управления особых отделов НКВД СССР, утверждённых 15 августа 1941 года и дополненных 24 января 1942 года, Абакумову полагалась три зама и секретариат. Управление состояло из оперативного отделения, следственной части и 8 отделов.
При Высшей школе НКВД СССР с 26 июня 1941 года начали функционировать курсы подготовки оперативных работников для особых отделов численностью 850 человек.
Всего по штатам Управления особых отделов числилось 387 человек. А в июне 1942 года их штатная численность составила 225 человек. Но зато у Абакумова стало 4 зама. Количество отделов увеличилось до 12.
После преобразования Управления особых отделов в Главное управление (ГУКР) СМЕРШ НКО СССР штат последнего составил уже 646 человек, предусматривавший должности четырёх заместителей начальника и его 16 помощников с аппаратом из 69 оперативных сотрудников на уровне начальников отделений, старших оперуполномоченных и помощников оперуполномоченных. Новое Положение определяло в составе ГУКР СМЕРШ НКО вместе с секретариатом 14 отделов.
Для подготовки и переподготовки оперативного состава органов СМЕРШ были организованы четыре постоянных школы (1-я Московская на 600 человек, 2-я Московская на 200 человек, Ташкентская на 300 человек, Хабаровская на 250 человек) и курсы с четырёхмесячным сроком обучения в городах Новосибирске (250 чел.) и Свердловске (250 чел.). Срок обучения в школах указал сам Сталин: от шести месяцев до девяти. В начале ноября 1943 года Новосибирские курсы по подготовке оперативного состава были организованы в школу (400 чел.). Ленинградские, Свердловские и Саратовские курсы приказами по ГУКР СМЕРШ НКО вскоре также стали школами.
Ф.Д. Бобков летом 1945 года был направлен в Ленинградскую школу контрразведки СМЕРШ. В своих мемуарах он вспоминает:
«Требования к слушателям в школе предъявлялись высокие, но мы и сами учились старательно, и не только по учебникам. И практические занятия, и теоретическую подготовку с нами проводили, широко используя документы и дела военной контрразведки. Разумеется, осваивался и опыт только что закончившейся войны.
Учиться было очень интересно. Мы знакомились с документами, связанными с разоблачением фашистской агентуры, действовавшей в нашем тылу, изучали методы заброски этой агентуры немецкими спецслужбами, подробно разбирали деятельность разведывательных и контрразведывательных органов, диверсионных и разведывательных школ, созданных немцами на оккупированной территории. Наряду с этим, конечно, штудировали операции по проникновению нашей разведки и контрразведки в немецкие спецслужбы, в диверсионные школы и штабы войск. Нужно было освоить весь этот годами накопленный опыт, ведь работа в контрразведке потребует очень серьёзной профессиональной подготовки».
Другой ветеран госбезопасности, Б.В. Гераскин, в своей книге «За семью печатями» пишет:
«Приоритет органы СМЕРШ — к чему обязывало их назначение — отдавали борьбе со шпионажем. В поиске и обезвреживании многочисленных вражеских агентов, наряду с традиционными методами, успешно применялись радиоигры с использованием радиостанций захваченной немецкой агентуры. Также активно велась работа по проникновению в разведшколы и карательные органы гитлеровцев. Широкий фронт приобрели розыскные мероприятия, в частности создание оперативных групп из сотрудников с включением в них в качестве опознавателей немецких агентов, явившихся с повинной. Действуя на вокзалах, базарах, контрольно-пропускных и продовольственных пунктах, в других местах скопления людей, агенты вели поиск и опознание предателей, известных им по совместной учёбе в разведшколах и пребыванию в спецлагерях. Аппарат главка буквально по крупицам собирал информацию о разыскиваемой агентуре, тщательно анализировал её и оперативно издавал ориентировки для подчинённых органов.