Подчинённый VI управлению РСХА на правах особого подразделения, VI Цеп входит в группу (отдел) VI Ц, проводившую политическую разведку против СССР и стран Ближнего Востока. Штаб «Цеппелина» состоял из аппарата начальника органа и трёх отделов: «Цеп-1» занимался комплектованием, оперативным руководством и снабжением; «Цеп-2» — обучением агентуры; «Цеп-3» — обработкой всех материалов о деятельности особых лагерей, фронтовых команд и агентуры, переброшенной в тыловые районы. В своей работе «Цеппелин» руководствовался «Планом действия по политическому разложению Советского Союза».
Сам по себе механизм взаимодействия между гестапо, службой безопасности и абвером был определён в документе под названием «Десять заповедей сотрудничества» (1936 г.), где следовало чёткое разграничение их полномочий. Военная разведка в странах противника оставалась в ведении абвера, а сфера контршпионажа только в основном принадлежала абверу, при том что само понятие было несколько размыто в подписанном соглашении. В ведении абвера находилась подготовка скрытого боевого применения на случай войны (разведывательно-диверсионные операции).
Тайной государственной полиции принадлежало оперативное расследование всех тяжких государственных преступлений и добывание политической информации из-за границы, в особенности из стран, враждебных Германии.
В 1938 году была проведена очередная реорганизация службы внешней разведки СД в Шестое управление ГУИБ, которое летом 1941 года возглавлял Вальтер Шелленберг. А менее чем через год было заключено ещё одно соглашение между СД и абвером по типу «десяти заповедей». Но это уже была программа Шелленберга, который, по воспоминаниям Гелена, «добросовестно сотрудничал с представителями Канариса в рамках соглашения, заключённого между управлением военной разведки и контрразведки и полицейскими службами. Однако положение изменилось, как только Шелленберг стал начальником внешней разведки службы безопасности».
«К концу февраля 1942 г. положение адмирала Канариса уже более не было прочным, — писал в своих мемуарах Шелленберг. — Об этом не могли не знать его друзья и подчинённые, но я-то знал, что Гитлер серьёзно обдумывал вопрос о том, как от него отделаться». И действительно, Гитлера не устраивал начальник абвера по многим показателям. Так план Гитлера изобрести безупречный повод (операцию) для нападения на Польшу и порученный Гейндриху и адмиралу Канарису только у последнего вызвал отвращение. Адмирал всё же сумел уклониться от его выполнения. Со временем он культурно отказался от задания фюрера — убить Черчилля и точно так же проигнорировал его приказ о розыске бежавшего французского генерала Жиро Анри — верховного комиссара Франции в Северной Африке. По утверждению Гелена, «Канарис решительно отвергал политические убийства. Его глубокая религиозная убеждённость абсолютно запрещала ему даже думать о подобной возможности». Адмирал не на шутку был обеспокоен приближавшейся войной с Россией.
Шелленберг вспоминал: «Он резко критиковал руководителей вермахта, которые несмотря на прекрасную осведомлённость, были настолько безответственны и неумны, что поддерживали такого человека, как Гитлер, с его затеей закончить русскую кампанию в течение трёх месяцев. Канарис не разделял и точку зрения фюрера и не мог понять, как такие генералы, как Браухич, Кейтель и Йодль, могли быть столь благодушными, оторвавшимися от жизни оптимистами. Однако возражать было бесполезно».
Генерал-фельдмаршал Вильгельм Кейтель как-то сказал ему:
«Мой дорогой Канарис, может быть, вы понимаете что-либо в делах военной разведки, но вы моряк, и вам не следует пытаться давать нам уроки стратегического и политического планирования».
Помощник адмирала Оскар Райле так охарактеризовал своего шефа:
«В свои 38 лет у него были уже белые как снег волосы. Поэтому офицеры абвера между собой очень скоро стали называть адмирала "старик" или "седовласый". Но опыт и необыкновенная судьба сделали Канариса прежде всего чрезвычайно молчаливым, одним из тех, кто проявлял искреннее участие ко всем страдающим и нуждающимся, кто многое знал о добре, зле и несбыточном. Такие люди предпочитают промолчать, нежели держаться опрометчиво или даже нескромно. Болтунов и бахвалов он на дух не переносил. Но при этом в обществе не был некомпанейским человеком. Правда, Канарис с удовольствием слушал, но если он что-то говорил после того, как присутствующие долго и пространно рассуждали о каком-либо предмете, то нередко, к их удивлению, обнаруживалось, как внимательно он следил за обсуждением и к каким глубоким выводам приходил».