Всех же арестованных по «Ленинградскому делу» более года готовили к суду, подвергали грубым издевательствам, зверским истязаниям, угрожали расправиться с семьями, помещали в карцер. Например, А. Кузнецову сломали позвоночник, разбили ушную раковину. Других сажали в бетонный куб и держали сутки без воды и еды, привязывали к железной кровати с колючими настилами. Также известно, что накануне и в ходе самого судебного разбирательства психологическая обработка обвиняемых усилилась. Подсудимых заставляли учить наизусть протоколы допросов и не отклоняться от заранее составленного сценария судебного фарса.
18 января 1950 года B.C. Абакумов представил И.В.Сталину список сорока четырех арестованных и предложил «судить в закрытом заседании выездной сессии Военной коллегии Верховного Суда СССР в Ленинграде без участия сторон, то есть обвинения и защиты, группу 9—10 человек основных обвиняемых», а остальных в общем порядке.
В Ленинград на процесс Кузнецова и Вознесенского полковник Комаров выехал вместе с десятью следователями. Перед отъездом министр строго предупредил его:
— Запомни самое главное, чтобы на суде не было упомянуто имя Жданова. Головой отвечаешь!
4 сентября 1950 года B.C. Абакумов и Главный военный прокурор А.В. Вавилов представили И.В. Сталину записку с предложением осудить к расстрелу Н.А. Вознесенского, А.А. Кузнецова, П.С. Попкова, Я.Ф. Капустина, М.И. Родионова и П.Г. Лазутина, осудить к 15 годам лишения свободы И.М. Турко, к 10 годам — Т.В. Закржевскую и Ф.Е. Михеева.
А 30 сентября, по окончании судебного процесса (29–30 сентября) в Ленинграде, эти предложения были приняты Политбюро ЦК ВКП(б).
О том, как в МГБ из арестованных выбивали признательные показания, достаточно подробно рассказал в своем выступлении Генеральный прокурор СССР Р.А. Руденко на собрании актива Ленинградской партийной организации 6 мая 1954 года: «По приказанию Абакумова Капустин был арестован и без санкции прокурора заключен 23 июля 1949 г. в тюрьму. Санкция на арест Капустина была получена у прокурора только 1 августа, т. е. через 8 дней после фактически произведенного ареста и после получения от Капустина так называемого "признания".
Бывший следователь Сорокин показал, что Абакумов требовал обязательно добиться любыми средствами показаний Капустина о том, что он английский шпион. Капустин на допросах отрицал свою принадлежность к английской разведке, что вызвало злобу и недовольство у Абакумова. После этого Абакумов приказал начать избивать Капустина.
Сорокин показал: "Мне было тогда же передано указание Абакумова о том, чтобы я не возвращался в министерство без показаний Капустина о шпионаже. После избиения Капустина он начал давать показания, что, находясь в командировке в Англии, он был завербован английской разведкой. Однако эти его показания были путаны и настолько нежизненны, что я не мог им поверить и не записал это в протоколе допроса".
Действительно, из материалов уголовного дела по обвинению Кузнецова, Капустина и других видно, что обвинение в шпионаже Капустину предъявлено не было, хотя он в этом преступлении и "сознался".
С 23 июля по 4 августа Капустин непрерывно допрашивался и 4 августа подписал сфальсифицированный протокол допроса о вражеской деятельности в Ленинграде, назвав ряд участников — Кузнецова, Попкова, Вознесенского и других.
Следствием по делу руководил лично Абакумов. Его ближайшим помощником являлся Комаров. Как показал Комаров, Капустин по указанию Абакумова подвергался избиениям. После получения от Капустина ложных показаний, были арестованы в августе 1949 г. остальные обвиняемые.
О методах следствия, о том, как получались "признания", дают представление показания Турко, Закржевской, Михеева.
Я зачту вам сейчас извлечение из показаний бывш. секретаря Ярославского обкома партии, а ранее второго секретаря Ленинградского обкома партии Турко, допрошенного мною.
Турко показал:
"…Действительно, на предварительном следствии я подписал протоколы, в которых признавал себя виновным в совершении ряда контрреволюционных преступлений и подтвердил свою виновность на суде, несмотря на то, что я никаких преступлений не совершал и виновным себя ни в чем не считал и не считаю. Показания же о якобы совершенных мною преступлениях я вынужден был дать в результате созданного мне тюремного режима, угроз со стороны следствия, помещения в карцер и систематических избиений. Сразу же после ареста меня вызвал следователь Путинцев и, не предъявляя каких-либо обвинений, начал в грубой форме требовать от меня признаний в совершенных мною преступлениях. Я заявил следователю, что не знаю, за что я арестован, т. к. никаких преступлений я не совершал. На это мне Путинцев ответил: "Подумайте. А чтобы легче было думать, я вас отправлю в военную тюрьму". В тот же день я был отправлен в Лефортовскую тюрьму, где и проходило следствие.