8 марта в особом поезде, под контролем представителей Временного правительства, доставивших в Ставку распоряжение об аресте царя, Николай II был отправлен из Могилева в Царское Село. Алексеев провожал своего Главковерха, видя его в последний раз. По воспоминаниям Хэнбсри-Уильямса,
Алексеев просил чинов Ставки «не сопровождать Императора», поскольку «теперь, когда правительство гарантировало безопасный проезд, наши действия могут быть восприняты как недоверие новому правительству… Даже Император, несмотря на обрушившиеся на него несчастья, посчитает правильным поддерживать выбранное правительство, два представителя которого будут его сопровождать».
«Генерал Алексеев рассказывал, — вспоминал Дитерихс, — что через него Государь был предупрежден, что Временное правительство признает необходимым Его переезд в Царское Село и что для обеспечения безопасности этого переезда в Могилев будут командированы делегаты от правительства для сопровождения поезда до Царского Села, где также охрану всей Царской Семьи Временное правительство принимает на себя.
Государь понял, что Его лишают свободы, и с полной покорностью принял решение новой власти, почувствовав в нем даже некоторое удовлетворение своему духовному состоянию. Больно Ему было только, как русскому человеку, быть лишенным служить Своей Родине в рядах ее армии, но в этом лишении Он видел начало нового искупления, которое преднамечалось Ему лично Промыслом Всевышнего Творца. Генерал Алексеев говорил, что он поражался в эти дни тем внутренним покоем, которым, видимо, было проникнуто все существо Царя, который заметно волновался лишь тогда, когда с фронта получались сведения о каких-либо антидисциплинарных явлениях в войсках. Он очень хотел дождаться приезда в Могилев назначенного Им Верховным Главнокомандующим Великого князя Николая Николаевича, но это тоже Ему не удалось».
Интересные подробности отъезда Государя из Ставки приводили Кондзеровский и Сергеевский. Накануне генерал Алексеев сделал для бывшего Главковерха последний оперативный доклад. После него, по личному указанию Алексеева, прошло прощание с чинами Ставки, включая и делегатов от воинских частей Могилевского гарнизона. «Его Величество… сказал всем теплые прощальные слова; затем сказал несколько слов генерал Алексеев… Я ясно видел, как слезы катились по щекам Его Величества. Плакал и генерал Алексеев». Тяжкое впечатление произвело это прощание на чинов Ставки. Несколько человек упало в обморок. В день отъезда «утром меня вызвал генерал Алексеев и сказал, что никто на вокзал ехать не должен, что поедет он один… Надо сказать, что в этот день утром из Петербурга приехали специально для сопровождения Его Величества четыре комиссара… Когда генерал Алексеев приехал на вокзал… они объявили, чтобы он предупредил Государя, что тот должен считать себя на положении арестованного. Генерал Алексеев сказал мне, что он попробовал протестовать, но ему ответили, что по этому поводу получены определенные указания.
Сначала генерал Алексеев не хотел брать на себя передачу Его Величеству этого тяжелого поручения, но потом решил, что Государю легче будет выслушать это от него, а не от комиссаров, и потому пошел доложить Его Величеству, что он должен считать себя арестованным. По словам Алексеева, Государь принял эту весть вполне спокойно…»
Еще более эмоционально описана сцена прощания Государя с чинами Ставки полковником Сергеевским. Когда Николай II закончил обход строя своих сотрудников и повернулся к выходу, генерал Алексеев «заступил ему дорогу и твердым голосом сказал ему несколько слов благодарности, но подчеркнуто — только Верховному Главнокомандующему, покидающему свой, глубоко его почитавший штаб. А затем, очень громко и отчетливо произнес: “Счастливого Вам пути Ваше Императорское Величество”, “Счастливой Вам жизни, Ваше Императорское Величество”. И сделал шаг в сторону. Но Государь обнял Алексеева, крепко прижал к себе и трижды облобызал. Этот последний, по смыслу еще царственный жест я видел в одном шаге от себя, и мне с необычайной яркостью запомнилось, что каждый из этих царских поцелуев длился но несколько секунд». Так демонстративно начальник штаба и генерал-адъютант прощался не с «гражданином Романовым», а по-прежнему, с Царствующим Императором и Верховным Главнокомандующим. Хотя бы и прошло это в сугубо символическом смысле…