Становилось очевидным, что радикальным революционным настроениям, советским структурам, фронтовым, армейским, корпусным комитетам нужно было оперативно противопоставить контрреволюционные структуры, настроенные на решительные действия ради продолжения войны «до победного конца». Теперь Алексеев признал неизбежность «вовлечения армии в политику». Нельзя, однако, не отметить, что, как и в прежние годы, политические «познания» генерала существенно не изменились. Как вспоминал известный отечественный публицист Р. Гуль, «по войнам (мировой и гражданским) я знавал русский генералитет, и надо честно сказать, что наши генералы в подавляющем большинстве были политически невежественны (в противоположность иностранным военным). Недаром во время революции сам глава Генерального штаба генерал М.В. Алексеев (здесь Гуль ошибается в его должности. —
Однако для генерала Алексеева «левый» спектр российской общественно-политической жизни вряд ли отличался какими-либо ярко выраженными оттенками, тогда как в своих «правых» взглядах Михаил Васильевич утверждался все более и более. Показательно, что 6 мая, сразу же после возвращения из Петрограда в Ставку, Алексеев, в числе очень немногих офицеров штаба, участвовал в молебне, посвященном дню рождения Николая II (день Праведного Иова Многострадального). До отречения Государя на этом празднике присутствовали все чины Ставки, а также местные губернские чиновники. Теперь же, по воспоминаниям Е. Ковернинской, супруги служившего в штабе Главковерха офицера, на службе в храме было очень мало молящихся. «Церковь, в которой всегда молился Государь, церковь, которая была переполнена толпой людей, в которую приходилось пускать только по билетам, была пуста в день рождения Государя, в этот, такой тяжелый для Него, год, несмотря на то, что в Ставке все еще находилось на прежних местах. Было два-три приезжих с фронта офицеров, несколько могилевских обывателей, несколько случайно забредших баб и… никого из ставочных. С грустью слушала я прекрасную службу и, глядя на пустой левый клирос, обычное место Царской Семьи, вызывала в памяти образ Государя, прелестные детские чистые личики Наследника и Великих Княжен, еще так недавно видневшиеся оттуда, и горячо молила Бога сохранить их.
Служба незаметно подходила к концу. Протопресвитер Георгий, имевший мужество молиться о здравии Государя и его Семьи, в те дни, когда даже с церковного амвона зачастую говорились хвалебные речи разрушителям России, вышел с крестом. Я прошла вперед и тут только увидела в правом приделе, скрытого колонной, на коленях перед образом Богоматери генерала Алексеева. Весь поглощенный молитвой, с просветленным лицом, по которому катились крупные слезы, он, несомненно, молился не о себе. Я видела много раз людей, молившихся искренно, отдававшихся целиком молитве, но другой такой молитвы я не видела и, верно, не увижу никогда…»
По воспоминаниям полковника С.Н. Ряснянского, «в начале апреля 1917 г… на фронте было спокойно, и обычная оперативная работа была небольшая, но свободного времени не было, так как появилась новая отрасль работы — политическая». С 7 по 22 мая 1917 г. в Ставке прошел 1-й съезд одной из самых влиятельных военных организаций, ставшей позже одной из основ формирования Белого движения, — «Всероссийского Союза офицеров армии и флота». Адъютант Корниловского ударного полка поручик князь Н. Ухтомский справедливо называл Союз «делом рук Алексеева и офицеров Генерального штаба». Инициатива в создании Союза исходила от сотрудников генерал-квартирмейстерской части — полковников Пронина и Лебедева. Его руководство составили офицеры-генштабисты — полковники Л.Н. Новосильцев (член кадетской партии, депутат I и IV Государственной думы), В.И. Сидорин (будущий командующий белой Донской армией), С.Н. Ряснянский (будущий начальник разведотдела штаба Добровольческой армии), Д.А. Лебедев (будущий начальник штаба Ставки адмирала Колчака в 1919 г.). Михаил Васильевич был избран «первым почетным членом» Союза. Призыв «Поднять боеспособность и мощь Русской армии!» стал лозунгом Союза.