После проведенного «ареста» Ставки, Алексеев сдал должность Наштаверха (10 сентября 1917 г.) снова, формально вернувшись к статусу находящегося «в распоряжении Временного правительства». Хотя, очевидно, он не исключал возможность возобновления службы в высшем военном командовании. Правда, предложение Керенского о командировке в Париж для участия в работе очередного межсоюзнического совещания Алексеев отверг (есть свидетельства, что генерал называл «игрой краплеными картами» попытки убедить союзников в боеспособности «революционной армии»). Но и непродолжительное пребывание в Могилеве не прошло напрасно. Как вспоминал генерал-майор М.Д. Бонч-Бруевич, ставший в сентябре 1917 г. начальником Могилевского гарнизона, по настоянию Алексеева на должность начальника штаба Главковерха Керенского был назначен генерал-лейтенант Н.Н. Духонин, работавший с Михаилом Васильевичем еще в штабе Киевского военного округа. А должность генерал-квартирмейстера, также по рекомендации Алексеева, принял один из его ближайших соратников — вернувшийся в Россию с Салоникского фронта генерал Дитерихс. Бонч-Бруевич вспоминал, что Духонин говорил ему в частной беседе: «Назначение Алексеева начальником штаба к Керенскому спасло Лавра Георгиевича (Корнилова. —
По словам Бонч-Бруевича, «Алексеев, пользуясь своим безграничным влиянием на Духонина, по-прежнему воздействовал на Ставку и направлял ее сомнительную “политику”. К тому же Алексеев через генерала Борисова, работавшего в составе Военного кабинета при Временном правительстве, получал информацию о готовящихся военно-политических правительственных решениях»{81}.
После того, как столь неожиданно «обрушившиеся» на генерала военно-политические перипетии миновали, он вернулся в Смоленск. Здесь он жил с семьей в частном доме Пастухова, на Верхне-Пятницкой улице. Теперь он уже не чуждался легальной политической деятельности. Напротив, именно теперь, как ему представлялось, нужно было использовать все возможные усилия для того, чтобы как можно более эффективно «воздействовать на власть» — ради выполнения хотя бы малой части тех мероприятий но «укреплению фронта и тыла», о которых так много говорилось накануне «корниловских дней» и выполнение которых в «новой обстановке» оказалось под вопросом. В условиях резко возросших осенью 1917 г. антивоенных и антиправительственных настроений, «большевизации Советов» и почти не скрываемых намерений большевиков «взять власть» сделать это было нелегко.
В Петрограде началась работа Совета Республики (Предпарламента) — органа, призванного «оказать Правительству содействие в его законодательной и практической деятельности»
7 октября 1917 г. Алексеев снова приехал в Петроград и поселился в небольшом доме № 8 на Галерной улице, в т.н. «общежитии московских общественных деятелей», благодаря чему смог более активно использовать свои личные связи со многими ведущими российскими политиками{82}. На заседании Предпарламента 10 октября 1917 г. Алексеев выступил с критикой действий правительства, приводящих к частой смене командного состава. Он настаивал на «немедленном возвращении в ряды армии офицеров, обвинявшихся но подозрению в контрреволюционности». Еще 31 августа за подписями Керенского и Алексеева был опубликован приказ, запрещавший «политическую борьбу в войсках». В соответствии с ним «всем войсковым организациям, комиссарам» предписывалось «стать на строгие рамки деловой работы, лишенной политической нетерпимости, подозрительности». Следовало незамедлительно «восстановить беспрепятственную перевозку войсковых частей по заданию командного состава» и «безотлагательно прекратить» самочинные «заарестования начальников» и «смещения и устранения от командных должностей начальствующих лиц» без санкции следственных властей или прокурорского надзора. Но, несмотря на показную строгость приказа, «революционное» беззаконие в армии и на флоте стремительно нарастало.