1 сентября в Ставке Алексеев, в сопровождении своего помощника по гражданской части В. Вырубова, встретился с Корниловым, передав ему распоряжение правительства об аресте. Известны слова Корнилова о «грани между честью и бесчестием», на которой оказался Алексеев, согласившись подчиниться Керенскому. Их взаимоотношения существенно осложнились. По воспоминаниям генерала Л.С. Лукомского, Корнилов при встрече с Алексеевым сказал ему следующее: «Вам трудно будет выйти с честью из создавшегося положения. Вам придется идти по грани, которая отделяет честного человека от бесчестного. Малейшая Ваша уступка Керенскому толкнет Вас на бесчестный поступок».
В воспоминаниях генерала Флуга поведение Алексеева также оценивается неоднозначно, хотя здесь и не уточняется, знал ли все-таки Михаил Васильевич о всех перипетиях «корниловского мятежа» именно как «антиправительственного заговора»: «Поведение М.В. во всем этом деле казалось мне несколько странным. Сначала он держал нейтралитет, а йотом как-то слишком охотно пошел навстречу желаниям Керенского, приняв на себя роль покорного слуги дискредитированного шута-главковерха. Допустимо, что Алексеев с самого начала не верил в успех предпринятого Корниловым шага. Но в таком случае казалось бы естественным дать ему совет отказаться от выступления, ввиду отсутствия шансов на успех. Назревающее выступление не могло быть тайной для М.В.».
В то же время нельзя не учитывать, что, арестовывая Корнилова и все руководство Ставки, Алексеев стремился, прежде всего, к спасению не только самого Главкома, но и сотен офицерских жизней, в частности членов Союза офицеров, от совершенно очевидного «революционного самосуда». Еще до ареста Корнилова Алексеев беседовал с товарищем председателя Главного комитета Союза офицеров полковником Прониным и предупреждал от необдуманных выступлений: «Полное спокойствие в настоящее время является единственным, что необходимо для перехода к нормальной жизни… В деле устроения армии все меры будут энергично поддерживаться и проводиться. Если я в этом потерплю неудачу, то сложу полномочия. Данная же минута требует особливого спокойствия и поддержания полного порядка, насколько это зависит от деятельности Главного комитета». И хотя практически все руководство Союза оказалось арестовано, следует помнить, что низовые структуры оказались слабо затронуты репрессиями и стали через два месяца основой для создания т.н. «Алексеевской организации», для возобновления “борьбы с революцией”».
С большим трудом Алексееву удалось добиться отмены движения к Ставке отряда полковника А.И. Короткова, отправленного на «подавление корниловщины» по инициативе командования Московского военного округа. Кроме этого, генерал смог добиться от Керенского согласия на несение охраны арестованных, преданными Корнилову бойцами Текинского конного полка. Во время смотра частей Могилевского гарнизона, проведенного сразу после «ареста» Корнилова, Алексеев высказался достаточно резко в отношении к нарушителям воинской дисциплины и чересчур «сознательным» солдатам. Это хорошо заметил выступавший на заседании Областного бюро Советов делегат Шубников: «Генерал Алексеев, по приезде в Ставку, взял странный тон по отношению к солдатам, оставшимся верными Временному правительству. Он всячески распекал их за плохое подчинение начальству и обещал послать в действующую армию тех солдат, которые, как наиболее сознательный элемент, способствовали тому, что некоторые воинские части, как Георгиевский полк, остались верными Временному правительству В то же время Алексеев всячески расхваливал корниловцев, в особенности командный состав, в приезд Керенского распевавший “Боже, Царя храни” (примечательная оценка “республиканцев”-корниловцев. —
Особенно важным было ходатайство Алексеева перед Временным правительством о расследовании деяний участников «корниловского мятежа» специальной комиссией из опытных юристов, а не революционными фронтовыми судами. «По общему убеждению, — заявлял Алексеев, — генерал Корнилов не поднимал руки против государственного строя, он стремился только к созданию власти сильной, рабочей, умелой; он ничего не желал для себя, был готов работать с теми, кто был бы способен спасти Родину и вывести ее из того тупика, в который она попала.
В этом стремлении к благу Родины заключается причина, в силу которой на стороне генерала Корнилова симпатии многих. Страдая душой вследствие проистекающих отсюда несчастий России, я сочувствую идее генерала Корнилова и не могу пока отдать свои силы на выполнение должности начальника Штаба, сознавая полную беспомощность водворить порядок в войсках и вернуть им боевую мощь».