Армия стояла в Саксонии, западнее Эрфурта и возле Веймара, на опушке тянувшегося на десятки километров непроходимого Тюрингского леса. Диспозиции прусских полководцев строились на предположении, что Наполеон засядет в крепкой позиции за Тюрингским лесом и будет там со страхом ожидать наступления победоносной прусской армии, осененной сотней знамен Фридриха Великого… Через несколько дней эти знамена, как и вся Пруссия, лежали под копытами лошади Наполеона. Французский император действовал так же решительно, как и под Аустерлицем. 29 сентября 1806 года быстрым фланговым ударом справа, силами трех колонн, он обошел прусскую армию с ее левого фланга, смял слабые отряды пруссаков, стоявшие на его пути, а затем двинулся в направлении Йены. Одновременно Наполеон послал большой отряд для занятия Лейпцига, где находились основные склады прусской армии. Когда прусские генералы поняли, что Наполеон, вопреки их намерениям, не стал ждать их наступления, а сам прорвался через Тюрингский лес и старается обойти их слева, то 1 октября они дали приказ главным силам отступать от Веймара к Виттенбергу. Принцу Гогенлоэ с его корпусом было приказано командовать арьергардом и наблюдать противника у Йены, а затем двинуться следом за отходившим корпусом генерала Рюхеля. Но наблюдать за неприятелем Гогенлоэ было невозможно — над Йеной, в пойме текущей рядом с ней реки Сале, висел густой туман, воспользовавшись которым Наполеон скрытно перевел свою армию через разделявшую его с противником реку, подобно тому, как он в Аустерлицком сражении — также загодя — перевел свои войска через ручей Гольбах. Когда же в девять часов утра встало солнце и туман рассеялся, пруссаки неожиданно увидели перед собой изготовившуюся к бою французскую армию, которой, по их мнению, здесь не должно было быть. Численное и моральное превосходство начавших наступление французов было подавляющим — корпус Гогенлоэ сопротивлялся три часа, а потом солдаты, увидав, что французы начинают обходить их с флангов, дрогнули и побежали.
По дороге они заразили паникой корпус Рюхеля, и солдаты обоих корпусов, смешавшись в нестройную толпу, стали разбегаться во все стороны. Попытка Гогенлоэ привести войска в порядок, собрать полки у Веймара провалилась — паника в войсках стала всеобщей. Вся эта история потом попала в военные пособия и изучалась в военных академиях как самый яркий пример паники, понимаемой как безотчетное массовое проявление испуга, разом охватившего десятки тысяч взрослых, сильных мужчин с оружием в руках и приведшего целое государство к национальной катастрофе4. Генерал Блюхер 26 октября писал князю Гогенлоэ, что может выступить только наутро, так как «во время ночных маршей наши войска разбегаются: я боюсь их более, чем неприятеля». Он считал, что «предпочтительно подвергать свой корпус опасности боя, чем довести его форсированными маршами» до полной невозможности сражаться5.