Действительно, вскоре дело было передано в Главный штаб, где его внимательно изучили. Деникину стали известны закулисные перипетии. Оказалось, генерал Мальцев, представитель Генштаба, возглавивший следствие по «преступлению» выпускника академии, поддержал решение конференции академии о незаконности манипуляций со списком выпускников и в действиях штабс-капитана не усмотрел состава преступления. Над заключением канцелярии работали юрисконсульты Главного штаба военного министерства. Однако Куропаткин порвал оба варианта его проекта, каждый раз со словами: «И в этой редакции сквозит между строк, будто я не прав».
Между тем «дело» Деникина стремительно разрасталось. Без его решения задерживалось представление государю выпускников всех четырех академий. Проходили педеля за неделей. Исчерпались кредиты по содержанию офицеров (месячное жалованье — 81 рубль). Прекратилась выдача добавочного жалованья и квартирных денег по Петербургу. Многие, особенно семейные, оказались в бедственном положении. Начальники других академий требовали от Сухотина покончить с инцидентом как можно быстрее. И дело сдвинулось с места. Государю был предъявлен на подпись Высочайший приказ о производстве выпускников в следующие чины «за отличные успехи в науках». Неожиданно для себя получил производство в капитаны и Деникин. Товарищи искренне поздравили его. На общем обеде выпускников Академии Генштаба 1899 года опальному капитану выразили публичное сочувствие, а заодно, в очень резких формах, был заявлен протест против режима, установленного в академии новым начальством. Однако на представлении выпускников военному министру Куропаткин, обходя строй, остановился перед Деникиным и прерывающимся голосом произнес: «А с вами, капитан, мне говорить трудно. Скажу только одно: вы сделали такой шаг, который не одобряют все ваши товарищи».
В день представления выпускников академии царю их доставили особым поездом в Царское Село. Академическое начальство поглядывало на Деникина испытующе, беспокойно, а то и откровенно враждебно, опасаясь, вероятно, как бы не вышел скандал во время торжественного приема. Всех построили в порядке последнего, незаконного, списка старшинства в одну линию по анфиладе залов дворца. После беседы Сухотина с Куропаткиным троих офицеров, подавших заявление с просьбой о милости и стоявших в списке ниже Деникина, полковник Мошнин переставил на более почетные места; сам же Деникин оказался среди не причисленных к Генштабу. Группы отделялись одна от другой интервалом в два шага. Теперь все стало ясно. Великий князь Михаил Николаевич подошел к Деникину и сказал, что он, согласно информации генерала Альтфатера, доложил государю его дело во всех подробностях. Во время представления царь обошел шеренгу из нескольких сот офицеров от начала до конца, согласно ритуалу, останавливаясь перед каждым стоящим в строю, задавая ему вопросы и говоря что-либо приветливое. Деникину показалось, что при этом царь был весьма смущен, его добрые глаза выражали тоску, в разговоре возникали томительные паузы, а аксельбант нервно подергивался. За ним следовали Куропаткин, Сухотин, Мошнин. Когда государь подошел к Деникину, последний как полагалось, назвал свой чип и фамилию, после чего завязался короткий диалог:
Царь, повернувшись, вопросительно посмотрел на Куропаткина. Тот, низко склонившись, доложил:
Нервно обдернув аксельбант, государь обернулся к капитану и спросил, долго ли он на службе и где расположена его бригада. Затем, для порядка, приветливо кивнул ему и пошел дальше. Лица академического начальства заметно просветлели, некоторые в свите заулыбались. А в душе капитана Деникина пронеслась молниеносная буря. Долгое и мучительное ожидание этого разговора с надеждой на справедливость, мгновенно сменилось глубоким разочарованием в монархе и в «правде его воли». Угасла вера, которая в Антоне Ивановиче взращивалась и лелеялась с детских лет.