Из-за продолжительной болезни прежнего начальника штаба генерал-лейтенанта Е.С. Шимановского (у него диагностировали рак печени) штаб Киевского военного округа страдал от несогласованности работы различных отделов. На первых порах Сухомлинову пришлось восстанавливать эти связи. Все кадры удовлетворяли своему должностному назначению, на начальнике лежала обязанность грамотно организовать их работу. Положительным явилось то, что среди подчиненных Сухомлинова было много его учеников, составивших «фундамент» штаба, в том числе генерал Н.В. Рузский в должности генерал-квартирмейстера со старшими адъютантами (по строевой части – М.Д. Бонч-Бруевич, по отчетной – А.Е. Гутор и по мобилизационной – А.С. Лукомский), генерал А.А. Маврин – дежурный генерал, генерал А.А. Благовещенский – начальник управления военных сообщений.
Здоровье Драгомирова сильно пошатнулось, поэтому на Сухомлинова ложился основной груз работы. Постоянно общаясь со своим начальником штаба, Михаил Иванович в конечном счете остановился на мысли о выборе его в качестве преемника. 12 октября 1902 г. Сухомлинов был официально назначен помощником командующего войсками Киевского военного округа, и в 1903 г. во время частых болезней Драгомирова он временно командовал войсками округа. К сожалению, это были последние месяцы пребывания генерала Драгомирова в должности генерал-губернатора Юго-Западного края и командующего войсками КВО. Чувствовал он себя плохо и жил в своем родовом имении-хуторе под Конотопом, в Черниговской губернии, где всецело отдавался публицистической работе. Именно туда Сухомлинов с начальниками отделов штаба округа часто приезжал с докладами.
Фактически находясь во главе Киевского военного округа, В.А. Сухомлинов принимал активное участие в работе многих комиссий и совещаний и непосредственно занимался разработкой стратегических планов ведения войны на Западе. За свою активную работу 6 декабря 1903 г. он был награжден орденом Святого Владимира 2-й степени.
Служба в приграничном военном округе также обязывала командующего вникать во все тонкости аппарата военной разведки. Под его руководством подбирались кандидатуры офицеров, обладавших знаниями иностранных языков (особенно немецкого) для специальной подготовки, связанной с деятельностью по изучению австро-венгерской армии138
. Бывший начальник охранного отделения П.П. Заварзин вспоминал: «Вербовались секретные агенты, посредством которых удавалось получать данные, касающиеся работ на орудийных заводах „Шкода“, военных узкоколеек, мостов и т. п. По этим делам мне приходилось ездить в Киев и там являться начальнику штаба генералу Сухомлинову, впоследствии командовавшему округом… Он был исключительно привлекательным и доброжелательным начальником и весьма интересовался делом разведки»139.Генерал С.Б. Батюшин, стоявший у истоков создания отечественной разведки, также отмечал, что «кроме официальной тайной разведки штаба Киевского военного округа, таковая велась там еще лично генералом Сухомлиновым по должности начальника штаба Киевского военного округа, помощника командующего войсками и, наконец, командующего войсками этого военного округа, а затем это перешло и на его преемника генерала Иванова»140
. В дальнейшем, когда Сухомлинов возглавил Военное министерство, разведывательные и контрразведывательные отделения как две автономные службы в штабах округов получили свой правовой статус, штатное расписание и финансовое обеспечение. Июнь 1911 г., когда военный министр утвердил два важнейших документа по контрразведке – «Положение о контрразведывательных органах» и «Инструкцию начальникам контрразведывательных органов», стал рубежным для этой службы в целом141.Нововведением, разнообразившим службу, стали парфорсные охоты по искусственному следу. Сухомлинов ввел их в память своего командования Офицерской кавалерийской школой. Конные выезды по искусственному следу, или так называемые «лисички» (победитель получал приз – золотой жетон в виде лисы), привились и часто устраивались для офицеров Генерального штаба. Производились они весной, летом и осенью. Офицеры, проводившие большую часть служебного времени на «штабном стуле», были рады «провести полдня в поле и в движении вместо сидения в душной канцелярии»142
. Иногда воображаемые охоты заканчивались решением тактических задач, и тогда «летучей проверке» подвергались знания и умения офицеров со стороны командующего.Вообще Сухомлинов уделял особое внимание вопросу быта подчиненных. Например, ввиду отсутствия Собрания офицеров Генерального штаба в Киеве он предоставлял в распоряжение офицеров свой служебный кабинет, который одновременно являлся залом заседания окружного военного совета. В своей квартире чета Сухомлиновых устраивала танцевальные и музыкальные вечера, здесь же устраивались проводы и чествования офицеров Генерального штаба, а на Рождество устраивались елки для детей. Все эти нововведения прочно укоренились и, таким образом, способствовали сближению офицеров и их семей.