Зюганов ясно понимал всю изначальную ущербность «четвертооктябрьской» политической системы даже в сравнении с западными буржуазными образцами, но он не мог выбирать. Он мог только в рамках этого режима власти бороться за его изменение и коренное улучшение. Собственно, такой выбор был уже сделан в ходе участия в выборах в декабре 1993 г., а теперь только оставалось определиться с политической линией КПРФ в сложившихся условиях. Поскольку было однозначно ясно, что население страны не собирается активно протестовать и подниматься на борьбу со сложившейся авторитарно-либеральной системой, предстояло как-то вписаться в нее и легально вести борьбу с политическими противниками, собирая сторонников и избирателей. Это был сугубо прагматический курс, который, однако, мог оттолкнуть часть коммунистов, не желавших сотрудничать с режимом Ельцина — могильщиком советской власти, расстрелявшим конституционный парламент. Было очень важно для оппозиции не оттолкнуть таких оппозиционеров, особенно учитывая дефицит активных сторонников.
Перед фракцией коммунистов Зюганов поставил задачу формирования в парламенте левоцентристской коалиции, которая могла создать независимую парламентскую Комиссию по расследованию событий начала октября 1993 г. Нужно, по его мнению, сделать все для преодоления последствий роспуска Союза и восстановления связей между славянскими республиками и Казахстаном, для возобновлении деятельности Конституционного Суда, ликвидации последствий разрушительного курса правительства Гайдара и его преемников. Фракция коммунистов получила наказы избирателей, целого ряда общественных объединений, в том числе общества «Российские ученые социалистической ориентации», в которых формулировались определенные напутствия парламентариям. Прежде всего, это было требование решительной борьбы за социалистические идеалы. Все подобные наказы и требования не были формальностями — они ограничивали рамки маневров и компромиссов, обеспечивали принципиальную линию фракции в условиях, когда нельзя был ставить вопрос о ликвидации режима власти, политического курса, однако существовали возможности, объединив голоса коммунистов и сочувствующих патриотов (около 40 %), добиваться коррекции курса в интересах трудящихся.
Сразу после выборов в начале 1994 г. из правительства вышли радикальные либералы Е. Гайдар и Б. Федоров, что было вызвано относительным поражением либералов на выборах и вынужденным изменением стратегии Президента, правда, только формальным. Предстояла борьба за формирование более здравомыслящего правительства, озабоченного не либеральными прожектами, а реальной экономикой.
На первом этапе Зюганов направил свои усилия на достижение договоренности основных фракций — ЛДПР, «Выбора России», АПР, ДПР и самой КПРФ — по формированию руководства Государственной Думы. Зюганов провел подробные консультации с ДПР Николая Травкина и Аграрной партией Михаила Лапшина и подчеркнул, что КПРФ готова сотрудничать «со всеми, кто понимает, что нынешняя ситуация в России может привести к взрыву и диктатуре». По согласию фракций председателем Государственной Думы был избран представитель аграрной группы бывший коммунист Иван Рыбкин. Зюганов серьезно рассчитывал, что бывший товарищ по партии и участник обороны Верховного Совета будет по принципиальным вопросам если не поддерживать коммунистов, то хотя бы не противодействовать. Но жизнь показала, что Иван Рыбкин быстро отказался от своих былых убеждений и товарищей, став обычным функционером режима Ельцина. Он действительно врос в систему власти и стал получателем всех благ и привилегий правящего класса. Председателем Совета Федерации был избран активист режима В. Шумейко, бывший заместитель премьера Черномырдина. К нему Зюганов и подавно не испытывал никаких симпатий, зная его обструкционистскую практику запретительства в отношении коммунистической прессы, откровенное пресмыкательство перед Ельциным, нахрапистость в личном обогащении.
Два члена фракции КП РФ стали председателями важных комитетов Госдумы. Это были Виктор Илюхин, бывший прокурор, государственный советник юстиции 2 класса, и Виктор Зоркальцев, возглавивший комитет по делам общественных объединений и религиозных организаций. Член фракции Геннадий Селезнев — бывший главный редактор газеты «Правды» стал спустя некоторое время заместителем председателя Госдумы.