Геном

Но что делают все эти вирусы в нашем геноме? В действи­тельности большинство из них уже нельзя назвать вируса­ми. Они потеряли многие свои гены, в некоторых случаях осталась одна обратная транскриптаза. На каком-то этапе активный паразит прекратил свой небезопасный бизнес заражения окружающих людей с помощью слюны или во время полового акта, а вместо этого устроился бесплатным пассажиром в хромосоме и передается уже не от человека к человеку, а из поколения в поколение. Генетический пара­зит в чистом виде. При этом некоторые бывшие вирусы, на­зываемые ретротранспозонами, продолжают копировать себя, плодясь внутри генома в невероятных количествах.

Наиболее известным из них является самокопируемая последовательность ДНК, называемая LINE-i. Это «абзац» ДНК длиной от 1 ООО до 6 ООО «букв», ближе к середине которого находится пропись обратной транскриптазы. Последовательность LINE-i не только часто встречается в геноме — насчитывается более 100 ООО копий, — но еще и склонна к образованию колоний. В некоторых местах на хромосомах этот «абзац» текста повторяется множество раз, образуя длинную цепь. LINE-i занимает своими копи­ями 14,6% генома, т.е. эта последовательность встречает­ся примерно в 5 раз чаще, чем нормальные гены человека. При этом пандемия LINE-i продолжается. Вся последова­тельность LINE-i может транскрибироваться с хромосомы, синтезировать свой собственный белок обратную транс- криптазу, которая опять превращает РНК LINE-i в ДНК и встраивает новую копию в любом месте генома. Вот почему в геноме так много копий LINE-i. Возмутительно, не правда ли? Наш геном полон генов, которые хороши лишь тем, что могут успешно копировать себя. «У блохи есть меньшая блоха, которая живет на ней, а ту кусает еще меньшая бло­ха, и так до бесконечности». Последовательность LINE-i в этом плане не исключение. На ней успешно паразитирует другой, более мелкий, но еще более успешный паразит — ретротранспозон Alu. Этот ретротранспозон давно забро­сил куда-то свою обратную транскриптазу (а зачем она ему, когда вокруг так много LINE-i), сократив свое тельце всего до 180-280 «букв». Несмотря на то что в тексте Alu не за­писана структура никаких белков, он успешно транскриби­руется и использует чужие обратные транскриптазы для возвращения своих копий в геном. Всего в геноме человека более 2 млн копий Alu, которыми заполнено 10% генома человека (Kazazian Н. Н., MoranJ. V. 1998. The impact of retrotransposones on the human genome. Nature Genetics 19: 19-24).

Последовательность нуклеотидов в Alu очень сильно на­поминает один настоящий ген — ген белка, который входит в состав рибосомы, — органеллы, выполняющей синтез бел­ков в соответствии с кодом, записанным в РНК. Насколько случайно такое сходство, пока неизвестно. Характерной особенностью этого гена является наличие так называемо­го внутреннего промотора — особой последовательности ДНК, которая для белков, выполняющих считывание ге­нов с хромосом, служит призывной надписью: «ПРОЧТИ МЕНЯ». Обычно промоторы находятся перед началом гена, но в данном случае команда на чтение гена объеди­нена с самим геном, что объясняет столь высокую часто­ту его копирования. Alu, скорее всего, является псевдоге­ном. Псевдогены в большинстве своем — это остатки генов, которые в результате мутаций утратили свои функции, но благодаря свойству самокопирования зависли на грани су­ществования и исчезновения. Они остаются балластом в ге­номе и продолжают накапливать мутации. В конце концов, они совсем перестают напоминать гены, от которых про­изошли. Например, один псевдоген повторяется в хромо­соме 14 раз на 11 хромосомах. Когда-то это были 14 копий одного, вероятно, важного гена, который утратил свое зна­чение в ходе эволюции. Мутации в «молчащих» генах стали стремительно накапливаться, поскольку не вели ни к каким положительным или отрицательным последствиям для ор­ганизма. В результате в геноме появилось 14 призраков, от­даленно напоминающих гены. Это не единственный при­мер, но что интересно, именно эти 14 генов обнаружены также в геномах обезьян. По крайней мере три копии этого гена уже не функционировали, когда приматы разделились на обезьян Старого и Нового Света. Это свидетельствует о том, затаив дыхание, говорят ученые, что эти гены утра­тили свои функции и остаются балластом на протяжении вот уже почти 35 млн лет (Casane D. et al. 1997. Mutation pat­tern variation among regions of the primate genome.Journal of Molecular Evolution 45: 216-226).

Милли (iiii.i копий Alu накопились в нашем геноме от­носительно недавно. Эта последовательность известна только у приматов. Различают пять подтипов Alu, причем один подтип появился уже после того, когда наши предки отделились от предков шимпанзе, т.е. в течение последних 5 млн лет. У других животных есть свои внутренние гене­тические паразиты. Так, в геноме мышей было обнаружено много копий другой последовательности, названной Bi.