Далее граф поделился печальным известием, что в понедельник 1 (10) сентября умер сэр Томас Модифорд. Бывшего губернатора отпевали в церкви Святой Екатерины в Спаниш-Тауне. Морган был среди тех, кто проводил своего бывшего покровителя и компаньона в последний путь. На могиле сэра Томаса позже написали, что он был «душой и жизнью всей Ямайки… первым сделал ее такой, какая она есть… самым лучшим и дольше всех управлявшим губернатором, самым крупным плантатором, самым способным и справедливым судьей этого острова из всех, каких он когда-либо имел».
В период губернаторства графа Карлайла — явно при попустительстве сэра Генри — флибустьерство на Ямайке вновь переживало «золотые денечки». Так, когда власти узнали о пиратских похождениях капитанов Джона Коксона, Бартоломью Шарпа и Ричарда Сокинса в Гондурасе, губернатор и Морган закрыли глаза на эти «шалости». Получив от флибустьеров взятку, они разрешили им через подставных лиц доставить добычу в ямайские гавани и, уплатив пошлины, сбыть ее.
8 (18) октября люди капитана Эдмунда Кука привели в Порт-Ройял «барк с какао и шкурами, который они захватили у одного испанца на Арубе». Пираты беспрепятственно высадились на берег, перед этим «публично уплатив пошлины».
В феврале 1680 года Морган возбудил дело против капитана Фрэнсиса Мингема, обвинив последнего в клевете и потребовав взыскать с него две тысячи фунтов стерлингов. Мингем еще в марте 1679 года был задержан за попытку обмануть таможню, а его пинк «Фрэнсис» по решению адмиралтейского суда (председателем которого был Морган) должны были продать с торгов. Но в дело вмешался губернатор, не одобривший решение суда. Мингем, внеся залог, отправился в Англию. Там в октябре он подал петицию в Тайный совет, умоляя отменить решение адмиралтейского суда Ямайки, а также встретился с сэром Чарлзом Модифордом, которого попросил выступить посредником в переговорах с Морганом. Когда в конце года они вернулись на Ямайку, сэр Чарлз нанес визит сэру Генри и попытался уладить его конфликт с Мингемом. Морган пообещал, что если Мингем оплатит ему все расходы, связанные с этим делом, и отдаст его жене карету и лошадей, то он полностью оправдает капитана и простит ему две тысячи фунтов стерлингов, которые суд обязал его уплатить в качестве компенсации за нанесенный моральный ущерб. Мингем отказался от предложения Моргана и был снова втянут в судебный процесс. 23 февраля (4 марта) граф Карлайл писал министрам торговли и плантаций:
«Перед Рождеством некий капитан Фрэнсис Мингем прибыл сюда из Англии с приказом Ваших светлостей, дабы показать его сэру Генри Моргану и г-ну Томасу Мартину, генеральному сборщику таможенных пошлин, — приказом в связи со скандальной петицией, поданной против них Вашим светлостям… Этот Мингем — весьма дурной человек. Он решил… прислужиться мне, как он уже прислужился сэру Генри Моргану и мистеру Мартину, словно я был обеспокоен тем, что он так ложно и злонамеренно обвинил их. Его корабль был осужден в адмиралтейском суде и продан всего за 300 ф. ст., тогда как в петиции говорится о 800 ф. ст., которые якобы были поделены между ними [Морганом и Мартином], хотя я не сомневаюсь, что они не взяли себе ни пенни. Сэр Генри как судья адмиралтейского суда не получил даже положенное ему вознаграждение, а мистер Мартин отдал свою часть на строительство биржи в Порт-Ройяле ради поощрения торговли. Они теперь участвуют в судебном процессе с Мингемом в Верховном суде, о результатах которого я сообщу так быстро, как только смогу».
Карлайл добавил, что адвокат Мингема просил его «отговорить сэра Генри Моргана от продолжения суда, обещая письменное подтверждение Мингема, что его петиция была ложной и скандальной. Сэр Генри, однако, решил оставить решение на усмотрение суда присяжных, и жюри постановило выплатить ему 2000 ф. ст. за причиненный его репутации ущерб».
На следующий день свой отчет министрам торговли и плантаций написал Морган:
«Во исполнение приказа Ваших светлостей от 10 октября [1679 года] передаю заверенную копию всего судебного процесса, которая вместе с иными документами и свидетельскими показаниями, без сомнения, докажет Вашим светлостям, что петиция Фрэнсиса Мингема является ложной и скандальной — за исключением того факта, что его корабль был осужден в суде. Петиция утверждает, что он был осужден за две бочки бренди; но в действительности там было две большие корабельные бочки бренди и двадцать бочек черной вишневой наливки, которые явно находились на борту втайне от таможни. Прочие заявления такие же ложные.