12 (22) июня 1682 года сэр Томас Линч, вторично занявший пост губернатора Ямайки, писал министрам торговли и плантаций: «Вряд ли можно было выжить и испытать больше несчастий, чем выпало на мою долю в этом рейсе. После того как шестнадцать или восемнадцать недель противный ветер удерживал нас в порту, вызвав непредвиденные потери и расходы, мы поднялись на судно. Мы достигли Мадейры, и здесь у моей жены случился выкидыш и она слегла, так что через месяц или пять недель я был вынужден оставить ее вместе с половиной семьи. Мы покинули Мадейру 6 апреля, а через пять или шесть дней после того, как мы приблизились к тропикам, я заболел из-за жары. Мы достигли Барбадоса 30 апреля и пробыли там три дня. Между ним и Ямайкой мне стало еще хуже, так что когда я высадился на берег в воскресенье 14 мая, я не мог идти от боли и головокружения. Однако я проследовал в церковь, и там королевское поручение было зачитано. В тот же вечер я присягнул тем из Совета, кто был в городе, а остальным — на следующий день и расположился в доме капитана Уилсона, поскольку Королевский дом вот-вот рухнет. Все джентльмены графства и милиция были готовы сопровождать меня в город, но я в течение шести дней не мог передвигаться. В это время пришла баркалона из Картахены с письмом от губернатора с просьбой позволить купить смолу, деготь и пр. для переоснащения галеонов, которые были потрепаны штормом… Они находились в Индиях год и везут много серебра. Я дал им позволение приобрести то, что они просили, и 25 мая отправил фрегат “Норвич” сопроводить баркалону в Картахену, чтобы поставить губернатора в известность о моем прибытии и потребовать отдать несколько заключенных, а также шлюп, нагруженный сахаром и индиго, который был уведен отсюда. Чтобы побудить его пойти нам навстречу, я отправил ему двух негров, доставленных пиратами из Южного моря. Когда я находился в Пойнте, капитан Коксон, один из наших прославленных приватиров, принес мне каперское свидетельство, которое я отправляю как вещь огромного значения… Оно противоречит Мадридскому миру, и я уверен, приведет к новым вылазкам сих разбойников, прикрывающихся любыми каперскими грамотами… Я прибыл сюда 25 мая, хотя и был еще очень болен, поскольку офицеры и джентльмены не пришли бы до тех пор, пока не увидели меня здесь. Поскольку Королевский дом находится здесь в таком же плачевном состоянии, как и в Пойнте, мне пришлось отправиться в дом полковника Моулзвёрта. 27 мая был собран Совет, и я приказал капитану [Чарлзу] Моргану прислать мне отчет об оружии и припасах, которые хранятся здесь. Я также приказал сэру Генри Моргану, полковнику Моулзвёрту, майору Бейчу и капитану Уилсону взять рабочих, провести инспекцию портов и подготовить контракты для их ремонта».
Итак, на Ямайке появился новый правитель. Передав ему дела общественные, сэр Генри почти полностью переключился на дела приватные. Летом он купил еще несколько земельных участков. 6 (16) августа Джон Арчер продал Моргану 510 акров земли в приходе Сент-Мэри, а 10-го числа того же месяца Джеймс и Марджери Беркли из прихода Вере уступили ему участок земли в Порт-Ройяле, в районе улиц Йорк-стрит и Тауэр-стрит.
В октябре генеральный ревизор Ямайки Реджинальд Уилсон, назначенный управляющим делами флота, попытался найти отчеты и иные документы, касавшиеся деятельности его ведомства в период губернаторства графа Карлайла и Моргана, но, к своему ужасу, ничего не обнаружил. О результатах ревизии он тут же доложил Линчу и запросил у него инструкции по поводу дальнейших действий. Губернатор заподозрил своих предшественников в мошенничестве, коррупции и утаивании сведений о всех кораблях, прибывавших на Ямайку и покидавших ее во время их правления. По данному факту было начато негласное расследование.
26 октября (5 ноября) в Сантьяго-де-ла-Веге состоялось заседание Совета Ямайки, на котором было решено выплатить ряду высших должностных лиц задолженности по зарплате: лорду Карлайлу и генерал-майору сэру Фрэнсису Уотсону — 125 фунтов стерлингов каждому, верховному судье Роберту Биндлоссу — 64 фунта, Сэмюэлу Лонгу — 8 фунтов стерлингов. Сэр Генри Морган потребовал заплатить ему 533 фунта стерлингов 6 шиллингов и 8 пенсов по тому же поводу, на что ему ответили, что он получил на руки деньги, причитавшиеся королю, «от пиратов Южного моря» и факт этот документально подтвержден. Тем самым Моргану дали понять, что отныне он отстранен от официальной «кормушки».