С прибытием очередного авизо из Лондона сэр Томас Линч получил на руки королевский приказ и распоряжение госсекретаря Дженкинса о задержании капитана Лепена, бывшего командира судна «Ла Тромпёз», для возмещения ущерба, который он нанес королю Франции. 6 (16) ноября в письме, адресованном Дженкинсу, Линч сообщил, что велел задержать Лепена, находившегося в то время в Сантьяго-де-ла-Веге, и доставить его в тюрьму. Письмо с приказом короля губернатор показал Чарлзу Барре, бывшему секретарю Моргана, и попросил его о помощи. «Три дня спустя, когда Барре был у меня, — рассказывает Линч, — я послал за Лепеном… и спросил его, где находятся двадцать пять тысяч крон, упомянутых в памятке [французского] посла. Он сказал, что эта сумма не соответствует реальности, ибо он доставил сюда лишь двенадцать тысяч фунтов сахара различного сорта, оцененного здесь в 1400 ф. ст., на 200 или 300 ф. ст. аннато (так называемое «помадное дерево». —
Линч предложил Барре собрать всю необходимую информацию по делу Лепена, чтобы можно было привлечь француза к ответственности. Кроме того, губернатор подробно рассказал Дженкинсу о мерах, предпринятых им по поимке пиратов, — в частности, тех, что захватили фрегат «Ла Тромпёз».
В апреле и июне Линч отправил в Лондон еще несколько писем, в которых настоятельно просил короля Карла и правительство официально уволить Моргана с должности заместителя губернатора и передать этот пост сэру Хендеру Моулвёрту.
В начале сентября сэр Генри и ряд других членов Совета Ямайки были делегированы на заседания ассамблеи, «чтобы обсудить с ними порядок принятия законов», но Моргану не удалось найти общий язык с большинством депутатов ассамблеи, являвшихся сторонниками Линча.
На октябрьском заседании Совета Ямайки полковник Сэмюэл Бэрри и девять других членов совета проявили лояльность в отношении губернатора Линча и заявили «о своей готовности поддержать его во всех мероприятиях ради сохранения мира». Его превосходительство сердечно поблагодарил их за поддержку. Затем, в ходе дебатов по поводу «недавних беспорядков», политические противники Моргана обвинили его друга и свояка Роберта Биндлосса в неуважении к совету, нанесении удара Томасу Мартину и злостной клевете в адрес полковника Моулзвёрта. Биндлосса вывели из состава совета и приказали в течение часа покинуть город под угрозой сурового наказания. После этого был объявлен перерыв до второй половины дня. На вечернем заседании главный судья предложил Линчу отпустить из-под стражи капитана Чарлза Пенхоллоу, ранее осужденного решением жюри присяжных, собранных по инициативе Моргана. Под занавес зачитали показания свидетелей, допрошенных сэром Генри, и пришли к выводу, что оснований для продолжения рассмотрения «дела о беспорядках» пока что нет.
12 (22) октября 1683 года состоялось еще одно заседание совета. В протоколе записано: