Одновременно с Сенатом была введена должность фискалов. Обязанностью обер-фискалов при Сенате и фискалов в провинциях был негласный надзор за деятельностью учреждений: выявление случаев нарушения указов и злоупотреблений, донесения Сенату и царю. С 1715 года за работой Сената следил генерал-ревизор, переименованный с 1718 года в обер-секретаря. С 1722 года контроль над Сенатом осуществляют генерал-прокурор и обер-прокурор. Им подчинялись прокуроры всех других учреждений. Без согласия и подписи генерал-прокурора никакое решение Сената не имело силы. Генерал-прокурор и его заместитель обер-прокурор были напрямую подчинены государю.
Для исполнения решений Сената как правительства требовался административный аппарат. Поэтому 1717–1721 годах была проведена реформа исполнительных органов управления. В ее результате параллельно системе приказов, с их нечетко определенными функциями, по шведскому образцу, были созданы, 13 коллегий, ставших предшественниками будущих министерств. В отличие от приказов, функции и сферы деятельности каждой коллегии были строго разграничены, а внутренние отношения в них строились на принципе коллегиальности решений.
Церковными делами управляла, заменившая патриарха и Соборы РПЦ, Духовная коллегия, с 1721 года – Святейший Правительствующий синод. В ее состав вошли представители высшего духовенства. Поскольку их назначение осуществлялось царем, а решения им утверждались, российский император стал фактическим главой Русской православной церкви. В высшей светской власти, действия Синода контролировал, назначаемый царем, гражданский чиновник – обер-прокурор. Петр I своим Указом приказал священникам нести просвещенческую миссию среди крестьян: читать им проповеди, наставления, учить детей молитвам, воспитывать у них почтение к царю и церкви.
Местное управление на Украине, в силу своей специфики, осуществлялось властью гетмана, которую контролировала Малороссийская коллегия. После смерти в 1722 году гетмана Ивана Ильича Скоропадского новые выборы на эту руководящую позицию были запрещены, и гетман впервые был назначен указом царя. Малороссийская коллегия возглавлялась его офицером.
С целью укрепления вертикали власти на местах и лучшего обеспечения армии снабжением и рекрутами в 1708–1711 годах была проведена областная реформа. В 1708 году территория России была разделена на 8 губерний во главе с, наделенными всей полнотой судебной и административной власти, губернаторами: Московскую, Ингермандландскую (впоследствии Санкт-Петербургскую), Киевскую, Смоленскую, Азовскую, Казанскую, Архангелогородскую и Сибирскую. Московская губерния обеспечивала более трети поступлений в казну, вслед за ней, по уровню доходов, шла Казанская.
Губернаторы, в частности, ведали, расположенными на территории губернии, войсками. В 1710 году появились новые административные единицы – объединявшие 5536 дворов, доли. Однако первая областная реформа не решила поставленных задач, а лишь значительно увеличила количество государственных служащих и затраты на их содержание.
В 1719–1720 годах была проведена, ликвидировавшая доли, вторая областная реформа. С того времени губернии стали делиться на 50 провинций во главе с воеводами, а провинции – на дистрикты во главе с земскими комиссарами, назначаемыми Камер-коллегией. В ведении губернатора остались только судебные и военные дела.
При Петре I радикальные изменения произошли в судебной системе. Сенат и Юстиц-коллегия получили функции верховного суда. Ниже их в иерархии находились: в провинциях – гофгерихты, или надворные апелляционные суды в крупных городах, и провинциальные коллегиальные нижние суды. Провинциальные суды занимались гражданскими и уголовными делами всех категорий крестьян, кроме монастырских, а также, не включенных в посад, горожан. Судебные, включенных в посад дела горожан, с 1721 года находились в введении магистрата. В остальных случаях действовал так называемый единоличный суд, дела в котором единолично решал земской или городовой судья. Но в 1722 году нижние суды были заменены провинциальными, возглавляемыми воеводой. Кроме этого, судьи были отделены от администрации.
Необходимыми условиями победы в Северной войне 1700–1721 годов стали контроль над деятельностью государственных служащих, реформирование армии и создание флота. Введение в ней, реформированных по иностранному образцу, полков нового строя, началось еще при Алексее Михайловиче. Однако боеспособность армейских подразделений была низкой. Готовясь к войне со Швецией, в 1699 году Петр I велел произвести общий рекрутский набор и начать обучение военнослужащих (солдат, драгун, рейтар и так далее) по, заведенному у Преображенцев и Семеновцев образцу. Этот первый рекрутский набор позволил сформировать 29 пехотных полков и два драгунских. В 1705 году каждые 20 дворов должны были выставлять одного рекрута на пожизненную службу. Позже рекрутов стали брать из определенного числа крестьян мужского пола. Набор во флот, как и в армию, производился из рекрутов.