1 января 1800 года корабли Ушакова выступили из Мессины и 8 января прибыли на Корфу. Несколько месяцев потребовалось для ремонта. Тем временем эскадра Карцова крейсировала с 20 марта по 2 июня между Сицилией и Барбарским берегом (Тунисом), эскадра Пустошкина находилась в Мессинском проливе, три фрегата Сорокина — в Неаполе, а три фрегата Войновича крейсировали в Венецианском заливе.
Такая активность русских кораблей объяснялась тем, что англичане добились обещания Павла I оказать поддержку в осаде Мальты. Получив повеление от 10 апреля 1800 года, Ушаков начал готовиться к походу. Он вызвал Сорокина из Неаполя, чтобы везти войска на Мальту. Тем временем Бонапарт, как первый консул, организовал поход в Италию. После поражения при Маренго 14 июня 1800 года Австрия согласилась на перемирие. Крейсерства у берегов Италии становились бесперспективными, и Павел I вновь приказал вести эскадру на Черное море. Поход на Мальту не состоялся. Самостоятельно англичане смогли овладеть островом лишь 23 августа 1800 года.
5 июля 1800 года главные силы (11 кораблей, 2 авизо, транспорт и 3 мелких судна) выступили с Корфу в Севастополь; позднее отправились в Россию отряды Сорокина и Войновича.
На Корфу был оставлен небольшой русский гарнизон. Основной защитой Ионических островов должна была служить местная милиция. Ушаков передал сенату Республики военное судно (полугалеру), взятое у французов; в письме к президенции острова Занте адмирал писал, что судно оставлено «к охранению сего места и малых судов, переходящих из острова в остров, от лодок разбойнических». Так Республика Семи Соединенных островов обрела благодаря Ушакову свой флот.
При уходе эскадры жители островов преподнесли Ушакову памятные подарки: на Корфу — золотую шпагу, украшенную бриллиантами, от Кефалонии и Итаки — золотые медали, от Занте — серебряный с позолотой щит и золотую шпагу.
Из-за встречного ветра лишь 27 августа эскадра Ушакова вступила в Дарданеллы. Неблагоприятные ветры задержали на месяц корабли и у Константинополя. Только 23 октября русские моряки вышли из Босфора и 26 октября вернулись в Ахтиар. Пришли главные силы из девяти кораблей, фрегата и двух авизо. Отставшие суда приходили до 2 ноября, а корабль «Богоявление», зашедший в Кафу, потребовал из-за сильной течи ремонта на месте. 5 ноября адмирал отправил для его ремонта корабельного мастера Юхарина.
За два с половиной года плавания эскадра лишилась 400 человек, но не потеряла ни одного корабля, что свидетельствует о мастерстве как флотоводца, так и подготовленных им моряков.
На закате жизни
Начиналась мирная жизнь. 22 ноября Ушаков рапортовал адмиралу В. П. Фондезину, главному командиру Черноморского флота, о состоянии кораблей эскадры, 31 декабря — о ее разоружении. Заботясь о своих офицерах, адмирал 25 ноября обратился к Фондезину с просьбой поспособствовать с жильем (казенным или за умеренную цену) для пришедших с моря моряков.
Адмирал готовил отчеты о средиземноморском плавании, когда Павел I был убит и его сменил Александр I. В надежде на то, что новый Император обратит внимание на заслуженного флотоводца, тот обратился к нему с поздравлением. Император ответил 4 ноября 1801 года:
«Господин Адмирал Ушаков, мне приятно было видеть усердие Ваше, изображенное в поздравлении Вашем со днем моей коронации; примите истинную благодарность мою и уверение, что я всегда пребываю Вам доброжелательный».
21 мая 1802 года Ушакова назначили главным командиром Балтийского гребного флота и начальником флотских команд в Санкт-Петербурге. Если учесть то весьма слабое внимание, которое в последующие годы уделяли Черноморскому флоту, перевод этот был вполне оправдан. Гребной флот играл большую роль в боевых действиях 1789–1790 годов на Балтике, как уже хорошо известно из биографии К.-Г. Нассау-Зигена. Да и годы, болезни требовали для флотоводца более спокойной службы. Жизнь в столице помогала адмиралу как заниматься улаживанием дел семейных, так и помогать молодым Ушаковым, поступающим на морскую службу. В частности, он брал с собой Ивана Ушакова в поход на Средиземное море, а в 1805 году взял его в гребной флот.
О периоде командования гребным флотом в сборнике документов Ф. Ф. Ушакова — пробел. Видимо, несмотря на энергию флотоводца, ему приходилось смиряться с тем, что при Александре I флоту уделяли и внимания, и средств значительно меньше, чем было необходимо.
27 ноября 1804 года Ф. Ф. Ушакова назначили, кроме командования Балтийским гребным флотом, начальником петербургских корабельных команд, а в октябре — председателем квалификационной комиссии «по производству в классные чины шкиперов, подшкиперов, унтер-офицеров и клерков Балтийских и Черноморских портов», образованной при Морском кадетском корпусе.