Неаполитанцы ожидали, что на эскадре до 12 тысяч войск, но так как их не было, то посланный королем кавалер Мишеру просил хотя бы для ободрения жителей послать эскадру к городам Апулии, Бриндизи и Отранто, а затем направиться в Сицилию, чтобы помешать неприятельским войскам пройти в Мессину. Ушаков после получения провианта намеревался с четырьмя кораблями и тремя-четырьмя фрегатами идти к Бриндизи и Отранто, а оттуда — к Мессине, по пути забрав в Заре войска для гарнизона Мальты.
Но Мальту англичане еще не взяли… Томаре Ушаков заявлял 5 марта, что англичане стремятся держать русские силы раздельно. Сиднею Смиту он дипломатично писал, что недостаток провизии, ремонт кораблей и другие задачи не позволяют ему послать корабли к Кандии (Криту). Адмирала беспокоило, что в Анконе стояли, вместе с «Женерё», четыре французских линейных корабля, тогда как в Тулоне — не более одного-двух кораблей.
12 марта Ушаков обратился к Кадыр-бею с предложением, снабдив довольствием войска Али-паши, отправить их обратно, ибо вскоре французский гарнизон отправлялся в Тулон и необходимости в таких силах не было. Только после такого демарша албанцы начали покидать остров. На следующий день адмирал в рапорте Павлу I писал, что для гарнизона Корфу требуются регулярные войска, не менее полка русской пехоты, ибо, если французы вновь возьмут остров и оставят на нем большой гарнизон, вернуть его будет очень сложно.
13 марта 2931 человек французского гарнизона были посажены на наемные суда. С ними Ушаков послал акат «Святая Ирина», бригантину «Феникс» и трофейный бриг. Его беспокоило, кто оплатит перевозку. Флагман отметил благодарность французов за гуманное отношение.
В эти дни Ушаков продемонстрировал гуманность и к своим подчиненным. На эскадре состояли матросами разжалованные за участие в краже пороха мичманы А. Олешев и К. фон Икскуль. Сначала командующий дал им возможность отличиться, послав вместе с мичманом Метаксой на турецкую эскадру для связи. Прошли месяцы, и 13 марта Федор Федорович обращался к Г. Г. Кушелеву с просьбой о восстановлении их в прежних чинах, сообщая о том, что они не только выполняли свою службу, но и проявили храбрость в вылазках и на штурме Корфу. В ответ на доклад Кушелева Павел I разрешил вернуть им чины.
Тем временем австрийское правительство, действуя через посланника графа А. К. Разумовского и A. B. Суворова, просило, чтобы Ушаков выделил часть войск для наблюдения за Анконой и охранения перевозок продовольствия для итальянской армии. 23 марта Разумовский писал об этом Ушакову и сообщал, что в Анконе «Женерё» с несколькими мелкими судами готовится к выступлению, вероятно, для действия на коммуникациях. О необходимости выслать отряд судов на высоту Анконы писал и Суворов.
Нельсон со своей стороны в письме от 23 марта поздравлял Ушакова с победой, сообщал, что Мальта вскоре падет и что английская эскадра отправляется для блокады Неаполя до прибытия русской эскадры, которая, как надеялся Нельсон, восстановит короля Неаполя на троне.
Павел I наградил Ушакова и решил усилить его эскадру. 26 марта он предписал контр-адмиралу П. К. Карцову с отрядом из трех кораблей и фрегата идти на Средиземное море в распоряжение Ушакова и крейсировать у берегов Сицилии или Сардинии.
30 марта Ушаков писал Томаре о том, что Али-паша, задержав донесение о взятии Корфу, присвоил себе честь победы и требует часть трофеев, сообщал о болезнях из-за недоброкачественных продуктов, поставляемых турками, и о необходимости наладить снабжение провизией, о недостатке денег и материалов для ремонта, что препятствовало продолжению операций.
Павлу I от 30 марта Ушаков рапортовал, что от него ожидают высадки у Манфредонии и освобождения от французов Апулии. Адмирал готовил половину своей и турецкой эскадр, но не располагал войсками и надеялся получить два-три батальона из войск генерала Германа, которые должны были прибыть в Италию. Не зная, где эти войска, Ушаков мог только предполагать план своих действий: идти ли ему к Манфредонии, Анконе или Неаполю? Он намеревался оставить контр-адмирала Пустошкина на Корфу с ремонтируемыми четырьмя кораблями и несколькими фрегатами. В случае, если бы главные силы действовали в направлении Мессины и Неаполя, Пустошкину предстояло идти в сторону Зары, где будут русские полки.
1 апреля Ушаков дал ордер A. A. Сорокину с отрядом из двух русских фрегатов, двух турецких корветов идти с неаполитанским фрегатом, на котором находился Мишеру, в Бриндичи (Бриндизи), и стараться очистить берега Апулии от неприятельских судов, от французов и бунтовщиков, а прочих ласковостью утвердить в подданстве королю. Отряд отправился 3 апреля. 7 апреля, узнав о появлении в Бриндизи французского отряда во главе с фрегатом, адмирал направил в подкрепление Сорокину бригантину и три турецкие канонерские лодки, чтобы с наличными силами стараться очистить город от французов.