В конце одиннадцатого и начале двенадцатого часа последовали сигналы насколько можно усилить десант, а с берега были вызваны гребные суда. Около 11.45 был поднят сигнал всей эскадре послать пушки к десанту между 4-й и 5-й батареями, а вскоре на 1-й батарее поднят кейзер-флаг как сигнал о взятии Видо. Кадыр-бей, приехавший на «Святой Павел», поздравил Ушакова с победой. В полдень с острова привезли пленных: генерала Пиврона, шесть офицеров и семь рядовых.
В начале тринадцатого часа Ушаков поднял сигнал кораблям «Захарий», «Магдалина», фрегатам «Григорий Великия Армении», «Казанская» отойти подальше. Флагманский корабль также хотели оттянуть, но его дрейфовало к берегу, и пришлось, обрубив канат, вступить под паруса. В 12.30 и 12.45 флагман приказал кораблю «Богоявление» прекратить огонь; видно было, как ядра с крепости или «Леандра» перелетали через него. Только в 13.00, после третьего сигнала, корабль «Богоявление» перестал палить. Лишь фрегат «Навархия» стрелял по неприятелю. В начале четырнадцатого часа на французском фрегате была сбита грот-брам-стеньга и фор-марс-рей, вскоре фрегат «Навархия» прекратил огонь и пошел к юго-востоку.
Около 13.15 последовал сигнал кораблю «Захарий» и фрегату «Николай» отойти далее. В исходе четырнадцатого часа «Святой Павел» прошел мимо берега и карантинного острова, в 14.15 он встал на якорь вблизи турецкого адмиральского корабля; в 15.00 присоединился контр-адмиральский корабль. Неаполитанский министр с английским капитаном вернулись на британский бриг.
Незадолго до того с маяка сообщили, что на севере видны пять военных судов. В 15.15 последовали сигналы эскадре сняться с якоря и стараться выиграть ветер лавированием, в 15.30 — о появлении 5 неприятельских судов на севере. В 17.30 Ушаков послал опросить показавшиеся в Северном проливе два судна, оказавшиеся австрийскими купеческими.
В начале семнадцатого часа со всей эскадры затребовали гребные суда, ибо с прежде сделанных батарей приняли сигнал о необходимости подкреплений. Вскоре выяснилось, что сигнал ошибочный, и сигнал о присылке судов отменили. Но в 17.45 с батарей вновь пришел сигнал о подкреплении, ибо противник усилился, и вновь были вызваны гребные суда.
Вскоре после 17.30, на заходе солнца, спустили гюйс. Но деятельность на кораблях продолжалась. В исходе девятнадцатого часа к командующему с донесением прибыл с батареи поручик Зинкович, а капитан-лейтенант Клопакис с «Захария» доставил шкиперов австрийских судов. В 19.00 на «Святой Павел» вернулся майор Боасель с частью десанта; треть десантников осталась на острове Видо. Основные усилия были перенесены на главный остров. С 18.45 до 19.30 с новой батареи обстреливали крепость.
На 19 февраля был намечен штурм. В 00.15 был дан сигнал крейсерским судам держаться на своих местах, в 00.45 — всей эскадре везти десант, в 1.30 — послать отряд людей в десант. В 4.15 Ушаков поднял сигнал всей эскадре сниматься и идти в повеленный путь. В 5.30 «Святой Павел» снялся с якоря; до 7.00 снялись корабли «Михаил», «Захарий», «Богоявление», фрегаты «Григорий Великия Армении», турецкий контр-адмиральский корабль и 2 фрегата, 4 кирлангича, 1 купеческое судно. По сигналу командующего в 6.30 эскадра пошла в устье Северного пролива. Но не успели корабли занять места, как на борт корабля «Святой Павел» прибыл адъютант генерала Шабо. Он доставил письмо коменданта Корфу о сдаче.
20 февраля на борту «Святого Павла» был подписан акт о капитуляции французских войск на острове. Французы передавали крепость с вооружением и снаряжением союзному командованию. Гарнизон должен был с воинскими почестями выйти на эспланаду и сложить оружие, а затем ожидать отправки в Тулон на судах за счет соединенной эскадры, пленные обязались не воевать в течение восемнадцати месяцев против российского Императора и султана. Они могли взять личное имущество, тогда как все казенное передавалось русским и турецким комиссарам. Союзники обязались не преследовать тех жителей острова, которые служили французам. В общем, побежденные могли быть довольны мягкими условиями, тем более что часть французов пала жертвой турок, да и всех прочих могли перерезать, если бы не защита русских моряков.
В подробном рапорте Павлу I Ушаков указал потери сторон и результаты. На острове Видо из 800 французов не более полутора сотен на лодках ушли через пролив; пленены были, кроме генерала Пиврона, 20 офицеров и 422 нижних чина, а остальные погибли. Со стороны союзников потери оказались невелики: 9 убитых, 28 раненых на русских и 8 убитых, 7 раненых на турецком фрегате «Капитан Керим». При штурме сухопутных укреплений Корфу русских погибло 19, ранено 55, турок убито 38, ранено 50, албанцев убито 23, ранено 42, да на батареях погибло трое и ранено 17. Большинство французского трехтысячного гарнизона сдалось в плен. В качестве трофеев союзникам достались суда (включая фрегат и корабль) и многочисленное имущество в крепости.