Владение крепостью вызывало новые проблемы. Недоставало солдат, и Ушаков сообщал Императору о необходимости усилить гарнизон Корфу. Вице-адмирал отправил в столицу список отличившихся. Пользуясь удобным случаем, он в письме Г. Г. Кушелеву просил о возвращении чинов разжалованным офицерам и награждении достойных.
Резолюции Павла I на донесении Ушакова одобрили обращения флагмана.
25 марта последовал указ о производстве Ф. Ф. Ушакова в адмиралы «за покорение всех похищенных французами прежде бывших Венецианских островов и взятие последнего из них острова Корфу с крепостями, укреплениями и военными кораблями». Однако орденов пожаловано не было. В частности, Ушаков по праву заслужил за невиданную победу (овладение крепости силами одного флота с мизерными потерями) и руководство действиями флота под обстрелом ордена Святого Георгия I степени. Но он так и не получил этой награды.
Награды поступили от других стран. В марте 1799 года верховный визирь обратился к Ушакову с благодарностью султана и дивана за освобождение Ионических островов. Пришли поздравления Г. Нельсона и A. B. Суворова. Неаполитанский король Фердинанд IV прислал флотоводцу ленту ордена Святого Януария, султан Селим — высшую награду «челенг» (алмазное перо из своей чалмы), соболиную шубу и 1000 червонцев.
Наиболее четко заслуги флотоводца оценил Томара:
«Завоевание островов Эгейских, довершенное вами без Армии, без Артиллерии и, что больше, без хлеба, представляет не токмо знаменитый воинский подвиг, но и первое в столь долговременную войну отторжение целого члена Республики, именовавшейся единою и нераздельною».
На взятии острова заботы адмирала не окончились. 30 марта он писал, что на Корфу будет та же система, что и на остальных островах. Ушаков знал, что были желающие подчинить себе Ионические острова, и хотел обеспечить как дальнейшее существование их населения, так и права России на Средиземном море. На свой страх и риск адмирал решил образовать из Корфу, Занте, Кефалонии, Итаки, Санта-Мавры, Паксоса и Цериго независимую Республику Семи Соединенных островов под покровительством России и Турции. Он же по просьбе островитян подготовил перед штурмом Корфу и первую конституцию нового государства. В соответствии с конституцией город Корфу был признан «главным присутственным местом», в нем учреждали сенат, который следовало избирать всем жителям Республики. На каждом из островов предстояло создать Малый совет. Избирать можно было лиц, достигших двадцати четырех лет и обладавших доходом от тридцать до ста червонцев в год. Ушаков сам написал и текст присяги для избранных.
Конституция весьма расширяла круг лиц, входящих в правительство, ибо позволяла избирать не только дворян, как то было ранее, но и представителей третьего сословия. Аристократы пробовали возражать. Они подали прошение, в котором утверждали, что сохранение демократического вольнодумства опасно для спокойствия на островах. Но адмирал пригрозил, что, если дворянство выступит против конституции, он воспользуется силой и заставит подчиниться. Для охраны порядка и обороны островов Ушаков учредил милицию из местных жителей и помог ее обучить и вооружить, дал жителям православного епископа, сделав Корфу кафедральным городом, уполномочил сенат подготовить законы, устроить на островах суды и судопроизводство вести на греческом языке Он опирался на поддержку большинства населения, довольного преобразованиями. Нашлось немало желающих переселиться в Россию.
Было и немало других забот. Требовалось восстановить укрепления, ремонтировать суда, организовать лечение больных и раненых. Постоянной оставалась проблема обеспечения боевых действий. Адмирал писал Томаре, требуя жалованья, провианта и материалов для ремонта судов: «Мы не желаем никакого награждения, лишь бы только служители наши, столь верно и ревностно служащие, не были бы больны и не умирали с голоду».
Русских войск не хватало. В то же время приходилось писать Али-паше, который после взятия Корфу увеличивал число албанских солдат на острове, и требовать их вывода. Нужна была твердость Ушакова, чтобы удалить албанцев на материк.
Трудности возникали и с турками. Ушаков считал штурм заслугой россиян, корабли которых больше пострадали, и полагал для их ремонта без помех воспользоваться запасами леса в адмиралтействе Корфу, но турецкие союзники настаивали на разделе имущества. В письмах Ушаков показывал, что не поручал турецкому флоту ответственные задачи из-за его слабой подготовки. В частности, он писал: