Приходили корабли и из России. 4 апреля прибыли корабль «Исидор», фрегат «Назарет» и 3 вспомогательных судна капитана 1-го ранга Перского, которые доставили материалы и 1669 человек сухопутных войск. Фрегат Грейг оставил на Корфу, отправив на ремонт в Россию «Поспешный». 15 сентября на Черное море ушли фрегат «Николай Беломорский» и бриги «Александр» и «Диана», 20 сентября — корабль «Павел» и бриг «Диомед» из отряда капитана 1-го ранга Мессера; 5 октября проводили бригантину «Царь Константин». Транспорт «Григорий» Грейг оставил на Корфу для перевозки леса из Албании.
Деятельность капитан-командора не ограничивалась хозяйственными заботами. Грейг объединил под своим командованием все русские суда на Ионических островах и крейсировал в районе этих островов, которые со времен экспедиции Ф. Ф. Ушакова находились под протекторатом России, пока обстоятельства не потребовали более широких действий.
30 марта 1805 года Россия заключила союз с Англией против Франции. К союзу присоединились Королевство Обеих Сицилий и Швеция, затем Австрия. Так была основана третья антифранцузская коалиция, организованная с целью вытеснить французов из захваченных стран Европы и восстановить во Франции королевское правление.
На Средиземном море австрийские войска должны были занять Северную Италию, а русско-английские силы — с Ионических островов и Мальты высадиться в Неаполе и совместно с неаполитанскими войсками изгнать французов из Южной Италии. Однако Наполеон, после разгрома французского флота при Трафальгаре отказавшийся от вторжения в Англию, все свое внимание обратил на действия против австрийских и русских войск. Ряд поражений союзников не позволил им выполнить план.
Вместе с английской эскадрой 7–8 ноября 1805 года Грейг высадил десант в Неаполе, но под давлением превосходящих сил французов был вынужден его снять и вернуться на Корфу. 12 декабря 1805 года его произвели в контр-адмиралы. Однако моряк узнал об этом не сразу.
По возвращении на Корфу капитан-командор поступил под командование вице-адмирала Д. Н. Сенявина, который прибыл из России 18 января 1806 года с пятью кораблями, фрегатом и двумя вспомогательными судами. Сенявин стал главнокомандующим всеми русскими силами в Средиземном море. В одном из первых приказов вице-адмирал поздравил Грейга с чином контр-адмирала и благодарил его за сделанное на Корфу.
После прибытия Сенявина русские силы на Ионических островах составили 10 кораблей, 5 фрегатов, 11 бригов и других малых судов, 12 канонерских лодок; кроме того, сухопутные войска насчитывали 10 200 русских и две тысячи албанцев и греков из легиона легких стрелков. Располагая этими силами, вице-адмирал активными действиями против французов помешал им захватить Бокка-ди-Катарро и Ионические острова.
Первоначально Сенявин занялся боевой подготовкой моряков. Одновременно потребовалось материально обеспечить эскадру. Грейг организовал восстановление заброшенного адмиралтейства на Корфу. Командующий вскоре после прибытия сообщил морскому министру о низкой заболеваемости на кораблях Грейга и исправности организованного на фрегате морского госпиталя. Сенявин хвалил «попечение и усердие капитан-командора Грейга», хотя возможности его были ограничены. Грейг сообщил вице-адмиралу, что ранее железо, парусину и такелаж закупали в Триесте, Неаполе и Венеции, оказавшихся ныне во враждебном стане. В августе 1806 года из черноморских портов на Корфу вышли фрегат и 10 наемных судов, в сентябре — еще 11 судов с грузами, которые удовлетворили февральскую заявку Сенявина. Вскоре поставки с Черного моря совсем прекратились, когда на поддержку Наполеона выступила Турция, объявившая войну России.
Вступили в боевые действия и русские силы на Средиземном море. По стратегическому плану Сенявину предстояло вместе с английской эскадрой Дакуорта прорваться к Константинополю через Дарданеллы, тогда как Черноморский флот должен был атаковать Босфор. Высаженными десантами следовало занять турецкую столицу. Однако планы эти так и не удалось осуществить. Черноморский флот оказался не готов к организации высадки десанта в Босфоре. Дакуорт с эскадрой (7 линейных, 2 бомбардирских корабля, 3 фрегата), не дожидаясь Сенявина, прошел через Дарданеллы к Принцевым островам в восьми милях от Константинополя и потребовал сдать флот, морские запасы и проливы англичанам. Но пока он вел переговоры, турки установили батареи на берегах пролива. Английская эскадра 17 февраля вырвалась в Средиземное море с повреждениями и потерями.
Русская эскадра после прибытия 1 января 1807 года с Балтики отряда капитан-командора Игнатьева (5 кораблей, фрегат, 3 легких судна) выросла до 14 кораблей, 5 фрегатов, свыше 15 меньших судов и около 13 тысяч сухопутных войск. Сенявин просил подкрепить его пехотой, но на Черном море и так недоставало войск для обороны крепостей. Потому вице-адмиралу потребовалось организовать из местных жителей воинские формирования, со временем выросшие до пяти тысяч человек.