В 17.45 вице-адмирал приказал отрезать отставшие корабли. «Селафаил» и «Уриил» приблизились к «Сед-эль-Бахри», который сдался без боя. Остальные корабль и фрегаты были обнаружены утром 20 июня. В погоню за ними отправили Грейга с тремя кораблями. Турки, видя безвыходность положения, свезли на берег экипажи посаженных на мель судов и взорвали суда. Когда 21 июля присоединился Грейг, Сенявин поторопился к Тенедосу. Эскадра прибыла 24 июня вовремя, когда силы защитников иссякали. 25 июня русские корабли окружили остров. Сенявин предложил туркам эвакуироваться. На следующий день перевозка войск через пролив завершилась.
Турецкий флот 24 июня прибыл в Дарданеллы в тяжелом состоянии. Корабль и фрегат не смогли дойти до пролива и были сожжены турками. Сенявин мог бы истребить весь турецкий флот. Однако он предпочел спасение геройски дравшегося с превосходящим противником гарнизона Тенедоса. Потери русской эскадры (77 убитых, 181 раненый) были сравнительно невелики.
Турки, кроме вышеуказанных, лишились двух фрегатов, затонувших 21 июня у Самофракии, и корабля с фрегатом, взорванных у Тасоса 22 июня. Всего флот султана потерял четыре корабля, 4 фрегата и корвет, и он надолго перестал существовать как боевая сила.
После Афонского сражения Сенявин установил тесное взаимодействие с английской эскадрой. Но 12 августа он получил известие о Тильзитском мире. 14 августа русский и английский флоты разошлись, ибо оказывались в разных лагерях. 28 августа вице-адмирал получил указ Александра I оставить Архипелаг, передать Ионические острова и другие русские опорные пункты на Средиземном море французам и вести корабли к своим портам. 25 августа был оставлен Тенедос. Сенявин направился к Корфу, где уже хозяйничали французы. Он отправил Грейга для взятия призов и решения других вопросов перед возвращением; 14 сентября контр-адмирал с тремя кораблями прибыл к Ионическим островам. А 19 сентября эскадра Сенявина из 9 кораблей, 2 фрегатов выступила из Корфу, 5 октября прошла Гибралтар. Собирались идти до России без заходов в порты. Но с 7 октября сильный противный ветер, перешедший в шторм, заставил 30 октября зайти в Лисабон. Здесь эскадра была заблокирована английским флотом. 24 августа 1808 года Сенявин сдал англичанам на хранение корабли, а 5 августа экипажи кораблей на транспортах были отправлены в Россию.
Из Лисабона Грейга вызвали в Россию. Он был награжден за успехи в боевых действиях орденом Святой Анны I степени. Моряк получил на Средиземном море опыт командования эскадрой, имел возможность поучиться у такого блестящего флотоводца, каким был Д. Н. Сенявин. Со временем ему пригодился весь полученный опыт, однако не сразу.
Из-за союза с Наполеоном Россия оказалась в состоянии войны с Великобританией. Как и других английских офицеров на русской службе, контр-адмирала по требованию Наполеона отправили в глубь России, в Москву. С 1809-го по 1812 год, до начала вторжения наполеоновской армии Грейг оставался не у дел, использовав свободное время для самообразования. Когда же над Россией грянула гроза 1812 года и восстановились нормальные англо-русские отношения, Грейг вновь вернулся к активной деятельности.
В годы войны с Наполеоном
Уже при угрозе вторжения войск Наполеона были приняты меры для того, чтобы прекратить войну с Турцией и использовать против французов силы Молдавской армии. Александр I, недовольный тем, что М. И. Кутузов медлит с заключением мира, послал ему на смену командующим адмирала П. В. Чичагова. Тому следовало решить ряд важных политических вопросов. Правда, мир с турками Кутузов успел заключить до приезда адмирала. Однако необходимо было добиться, чтобы правительство султана не только не выступило в поддержку Наполеона, но и перешло в лагерь его противников. Чичагов намеревался организовать диверсию против Франции с юга, вел переговоры о взаимодействии с англичанами. Для помощи в осуществлении этих планов в штаб армии прислали Грейга. В 1812 году контр-адмирал, выполняя поручения П. В. Чичагова, ездил в Одессу, Константинополь, на Мальту и Сицилию с дипломатическими поручениями.
Чичагов посылал Грейга на Сицилию с целью выяснить у адмирала Бентинга, командующего английскими морскими силами на Средиземном море, сможет ли Англия содействовать русским операциям в Далмации, которые задумал адмирал для отвлечения внимания Наполеона. По дороге в Палермо в начале июня 1812 года контр-адмирал прибыл в Константинополь, в начале июля беседовал с английским послом Листоном и понял, что надеяться на помощь англичан бесполезно. Если прибывший позднее из Лондона с задачей побудить Россию и Турцию примириться генерал Р. Вильсон утверждал, что сильная английская эскадра находится в Адриатическом море, то Листон заявлял, что и флот, и войска использованы для действий в Испании. Грейгу предстояло выяснить, где же истина.