После боя Грейг отвел канонерские лодки в ближайшую бухту для ремонта. Но много времени у моряков не было. Крепость держалась, и герцог Вюртембергский приказал флотилии участвовать в атаке. Несмотря на осеннее ненастье, гребные суда вновь двинулись по бурному морю. Герцог торопил. 2 сентября, когда суда шли к Данцигу, он писал Грейгу, что честь флотилии зависит от ее участия в атаке Нейфарвассера и Вестерплятте. Обиженный контр-адмирал отвечал:
«Для меня крайне прискорбно думать, чтобы честь флотилии зависела от действий, кои превосходят ее силы и не соответствуют ее качествам, да и то предпринятым по прошествии уже удобнейшего на то времени. Цель старания всех господ офицеров и прочих чинов служителей была навсегда выполнять лестные для них повеления Вашего Высочества и заслуживать ваше одобрение; усердие же их, я уповаю, довольно доказано во все течение столь трудной и еще безпримерной для них кампании в опасном открытом море вспомоществуя блокаде Данцига, в коей, я льщу себя надеждой, что флотилия не была вовсе бесполезной».
4 сентября флотилия, преодолевая шквалы, подошла к цели и с 6.00 до 19.00 обстреливала с короткой дистанции неприятельские укрепления. Одна из канонерских лодок погибла, когда в нее попало вражеское каленое ядро. Остальные отошли в сумерки под сильным дождем. 23 сентября флотилия оставила опасный по осеннему времени открытый рейд Данцига и ушла к Пиллау, а 1 октября удалилась на зимовку в Кенигсберг. Данциг капитулировал 16 ноября. В его осаде участвовал отряд моряков из 32 офицеров и 745 матросов.
За отличие при блокаде и осаде Данцига, когда Грейг командовал батареями, которыми управляли флотские офицеры, его произвели 4 сентября 1813 года в вице-адмиралы, за действия против неприятельских береговых укреплений наградили орденом Святого Владимира II степени.
В 1814–1816 годах Грейг находился в Санкт-Петербурге. Именно тогда он перешел в подданство России. Очевидно, этот шаг позволил поручить вице-адмиралу особую задачу: восстановление Черноморского флота, боеспособность которого заметно упала за последние годы. И образованному, опытному флотоводцу эта задача оказалась по плечу.
Воссоздание Черноморского флота
2 марта 1816 года A. C. Грейга назначили главным командиром Черноморского флота и портов и военным губернатором Николаева и Севастополя. В начале столетия флот не отвечал своему назначению, и когда было намечено в ходе русско-турецкой войны 1807–1812 годов высадить десант при Босфоре, не нашлось достаточно боеспособных кораблей. При И. И. де Траверсе (1802–1809) и H. A. Языкове (1809–1816) флот, как и другие морские силы, стал жертвой континентальных воззрений Александра I. Он не получал ни внимания, ни средств, какие требовались для его существования и развития. Положение усугубляло то, что во главе его стояли люди недостаточно инициативные. Первый биограф A. C. Грейга А. Асланбегов писал об этом периоде:
«Итак, деятельность портов умолкла, корабли гнили в гаванях, флот перестал плавать, и в то время, когда гром непрерывных побед сопровождал русскую армию от Москвы до Парижа… Черноморский флот был в полном и безмятежном усыплении. Застой этот продолжался и в последующие четыре года, и в это-то время апатии и бездействия прибыл в Николаев и вступил в командование Черноморским флотом и портами Алексей Самуилович Грейг».