Адмирал, как и отец, считал повинными в нерадивом поведении матросов прежде всего офицеров, не проводивших достаточной воспитательной работы, считал, что лучше научить подчиненных, чем взыскивать с них, и предлагал меры для исправления положения: «Меры сии вообще состоят в напоминании начальникам команд о выполнении лежащих на них обязанностей в отношении подчиненных им, вместе с тем предоставлено полициям о всех тех чинах, кои обходами взяты будут, подавать краткие записки, арестованных же служителей наказывать по мере вины, и наконец в опубликовании в приказах по флоту те экипажи, в коих наиболее таковых преступлений замечено».
Современник адмирала H. Закревский позднее писал:
«Вникая в ограниченность средств, которые ассигновывало правительство на приведение и выполнение какого-нибудь предприятия, нельзя не сказать, что адмирал нисколько не отставал от времени, а напротив, тщательно следя за требованием его по всевозможным усовершенствованиям, от капитальных до мельчайших предметов, обращал внимание на существенно-полезное и, приводя в исполнение что-либо под личным своим руководством, многое сам совершенствовал, не придавая притом ничему педантического блеска сусальною позолотою и фальшивыми топазами. При этих началах, при этих предначертаниях и при таких помощниках-специалистах, какие созданы были адмиралом Грейгом для выполнения всего им предначертанного, легко уже было продолжать начатое и идти вперед, как по готовому и широко проложенному пути…»
Многочисленные нововведения пошли на пользу: когда в 1833 году Грейга перевели в столицу, он сдал флот М. П. Лазареву в гораздо лучшем состоянии, чем принимал. Благодаря его усилиям были реорганизованы проектирование и постройка судов различных классов, появились в строю первые пароходы. Подверглись улучшению морская артиллерия, администрация Черноморского адмиралтейского департамента, гидрографическая служба, связь и т. д. В практику кораблестроения вместо ручного труда внедряли механизацию, использовали научные способы конструирования. Регулярные плавания флота под командованием Грейга с 1817-го по 1827 год позволили готовить настоящих моряков. Только за первые двенадцать лет командования флотом Грейг провел 246 различных мероприятий по его совершенствованию. За успешное руководство флотом Грейг уже 17 января 1818 года был награжден орденом Святого Александра Невского, 13 сентября 1821 года за ревностную службу и особые труды — бриллиантовыми знаками к этому ордену, 15 февраля 1824 года получил монаршее благоволение за углубление Ингула, позволившее проводить корабли без камелей, 6 декабря 1827 года за отличную службу при управлении Черноморским флотом был награжден орденом Святого Владимира I степени. Николай I оценил организаторские способности Грейга. В конце 1825 года он получил права отдельного корпусного командира.
Все труды флотоводца сказались, когда на Черное море пришла война.
Русско-турецкая война 1828–1829 годов
Война вспыхнула как последствие Наваринского сражения 1827 года, в ходе которого англо-франко-русская эскадра разгромила турецкий флот, чтобы прекратить истребление греков, выступивших против турецкого правления. 8 октября 1827 года правительство султана расторгло соглашение с Россией и закрыло Босфор и Дарданеллы для русских судов. В ответ к весне Россия приготовилась к наступлению за Дунай до Балкан в направлении Шумлы и Варны; на Кавказе следовало занять Карсский и Ахалцихский пашалыки. Черноморскому флоту предстояло разбить турецкий флот в случае его выхода из Босфора, поддерживать операции войск у Румелийских берегов и овладеть Анапой.
14 апреля 1828 года был опубликован манифест об объявлении войны Турции. В апреле русские войска перешли границу, заняли Молдавию, Валахию и начали действия против турецких крепостей при поддержке Дунайской флотилии.
Черноморский флот, базировавшийся в Севастополе, насчитывал 9 кораблей, 5 фрегатов и 23 меньших судна, включая 3 парохода, тогда как турки в Константинополе располагали 6 кораблями, 3 фрегатами и 9 меньшими судами. В гребной флотилии на Дунае состояли 25 канонерских лодок, 17 иолов.