Другим важнейшим органом общеимперского управления бесспорно был имперский камеральный суд
(«Reichskammergericht»). Роль его резко повысилась после 1555 г. Согласно статьям религиозного мира он превращался в главную судебную инстанцию Империи по спорным делам представителей обеих конфессий, в главного гаранта самого религиозного согласия. «Кто хотел прочного религиозного мира, тот не мог выступать против суда» [Rabe. RG. S. 316]. Отныне все спорные моменты в отношениях между евангелическими и католическими чинами империи должны были регулироваться камеральным судом, заседавшим в Шпейере. Сложилось технически важное распределение функций: если рейхстаг был призван в целом решать лишь политические проблемы, прямо не связанные со спорами на религиозной почве, то суд должен был заниматься именно юридико-конфессиональными вопросами. Тем самым обнаруживался важный правовой канал в решении конфликтных ситуаций, при которых истец и ответчик принадлежали к разным вероисповеданиям. Организация судопроизводства и процедура принятия решений основывались на принципах равенства конфессий. Сенат камерального суда состоял наполовину из католиков, наполовину из лютеран. С одной стороны, паритет удовлетворял интересы сословий обеих конфессий, с другой — таил в себе опасность блокирования решений, в случае если голоса делились поровну. Тем не менее авторитет суда был весьма высок, о чем говорит статистика: за период с 1559 по 1589 г. (т. е. до момента окончательного паралича этого органа) из всех принятых приговоров было опротестовано лишь семь.Ежегодно для контроля над работой суда императором назначалась особая визитационная комиссия
(«Visitationskommission»), состоявшая из представителей имперских сословий. В круг обычных дел, разбираемых судом, включались вопросы признания реформационного права за имперскими сословиями, эмиграционных прав подданных имперских чинов, упразднения духовной юстиции в делах веры, а также секуляризованного имущества католической церкви.Будущий кризис камерального суда, однако, становился неизбежным, поскольку сам Аугсбургский религиозный мир не мог положить предел ни реформационному движению, ни начавшейся рекатолизации. Свободной оставалась дорога обоим процессам, что ставило на повестку дня конфликты, не поддававшиеся по своему размаху нормативному урегулированию. Главные споры разворачивались вокруг признания реформационных прав за имперскими городами, заключавшими в себе конфессиональные меньшинства, и секуляризации имперских аббатств и епископств, расположенных на территории евангелических князей. В решении этих проблем не обнаруживалось согласованного мнения асессоров и принятие окончательных приговоров делалось невозможным. Следствием стали постоянные (с 1557 г.) запросы суда, адресованные рейхстагу, с просьбой принять окончательное решение по спорным делам на общеимперском форуме.
Региональными институтами имперского судопроизводства являлись старые, учрежденные еще при Максимилиане I имперские округа
(«Reichskreise»), охватывавшие несколько территорий, во главе которых стояли имперские чины (6 округов — в 1500 г., 10 —с 1512 г.). В руки начальникам этих округов — главным образом, влиятельных духовных и светских имперских князей — передавалась функция поддержания земского мира и осуществления имперской экзекуции. Были организованы окружные канцелярии, аппарат управления и финансы. Для выработки согласованного мнения на уровне округов собирались т. н. имперские окружные съезды («Kreisetag»), включавшие в себя представителей всех имперских чинов, входивших в данный округ. Социальный состав окружных съездов зачастую исключал доминирование только лишь княжеской имперской элиты, а конфликты, разворачивавшиеся на региональном уровне, не были столь многообещающими для князей и курфюрстов, как на уровне рейхстага. Следствием этого стал постепенный отход курфюрстов от деятельного участия в окружных собраниях, что не только блокировало принятие важных решений, но и указывало на рейхстага и съезды депутатов как отныне главные институты имперско-княжеского компромисса. Князьям было выгоднее и легче защищать интересы на съездах депутатов и на рейхстагах, чем на многоголосых окружных ассамблеях, где они имели перед собой, как правило, давних, хорошо известных и непримиримых оппонентов.