Со временем расхождения между Лютером и Меланхтоном увеличились по довольно широкому спектру догматических проблем. Меланхтон, испытывая тягу к систематизации и находясь под влиянием метафизических, естественноправовых и этических идей Аристотеля, воспринимал основные догматические посылки Лютера безусловной данностью, но считал первоочередной задачей практический инструктивизм догмы, что, в свою очередь, влекло корректировку некоторых положений самого вероучения. Лютер, напротив, был увлечен главными принципами, оставляя техническую сторону догмы на втором месте. При жизни Лютера разногласия не носили принципиальный характер, сглаживаясь десятилетиями дружбы и совместной борьбы. Но уже при работе над вторым изданием формулы Аугсбургского вероисповедания Меланхтон счел возможным изменить десятую статью, толковавшую евхаристию. Новая редакция под названием
Догматический аспект сплетался с политическим благодаря привлечению к Шмалькальденскому союзу южнонемецких городов, тяготевших к цвинглианству («тетраполитана»). Потребовался сложный компромисс в виде Формулы Виттенбергского согласия 1536 г., узаконившей достаточно зыбкое содружество последователей ортодоксии и сторонников смешанного с цвинглианством учения. В последние годы жизни Лютера в его окружении наметилось формирование весьма сплоченной группы богословов, выступавших с критикой меланхтоновской формулы (Иоганн Агрикола). Но только после смерти «Виттенбергского соловья» в 1546 г. споры вылились в открытое противостояние двух направлений в евангелическом богословии. Если сторонники Меланхтона вместе со своим наставником имели главную цитадель в стенах
Конфликт развивался, распадаясь на две фазы: от кончины Лютера до смерти Меланхтона (1560) и от смерти Меланхтона до итогового соглашения 1577 г. Спор шел вокруг трех богословских вопросов:
1. Об исключительности
2. Об образе присутствия Христа в
3. О самостоятельности церкви по отношению к
«Гнесиолютеране» во всех пунктах подчеркивали приоритет Евангелия и считали толкование Лютера вкупе с текстом единственной верной основой вероисповедания. Любое отклонение воспринималось крайне болезненно, как предательство и отступничество.
Первая фаза содержала четыре крупные богословские дискуссии:
1. Спор по вопросу адиафоры между Флацием и Меланхтоном (под адиафорой понимались обрядовые традиции католической церкви, не существенные для лютеранского вероучения и потому могущие быть оставленными в евангелической традиции).
2. Осиандристский спор между Иоахимом Мерлином (1514–1571) и Андреасом Осиандром (1498–1552).
3. Майористский спор между Никласом фон Амсдорфом (1483–1565) и Георгом Майором (1502–1574).
4. Синергистский спор между Иоханнесом Пфеффингером (1493–1573), Викториной Штригелем (1524–1569) и Матвеем Флацием (1520–1575).