Обретение внутреннего единства следовало параллельно внешнему отмежеванию от родственных ветвей протестантизма. С годами все более растущее неприятие Лютером нововведений Ульриха Цвингли
переросло в окончательный разрыв. На переговорах в Марбурге в 1529 г., организованных усилиями ландграфа Филиппа Гессенского, стороны констатировали полную противоположность в толковании евхаристии: если Лютер придавал причастию буквальный смысл как воплощению вина и хлеба в кровь и тело Христово, то Цвингли настаивал лишь на символическом значении таинства. Расхождение оказалось непреодолимым, и компромисс невозможным. Позже к вопросу таинств прибавилась проблема экзерцизма, т. е. обряда изгнания беса при совершении крещения. Если для Лютера процедура выглядела совершенно необходимой прежде всего ввиду центрального значения крещения в обрядовой концепции лютеранства, то в рамках доктрины Кальвина она выглядела бессмысленной с точки зрения учения о предопределении. Публикация Кальвином его главного труда в 1536 г., как и позже — Женевского катехизиса вызвала лишь раздражение и полное неприятие в лютеранской среде. Только с большим трудом и с оглядкой на политическую ситуацию поддерживалась относительная терпимость к «третьему» пути, среднему между кальвинизмом и лютеранством, представленному рейнско-эльзасскими реформаторами (Мартин Буцер, Якоб Штурм, Иоганн Эколомпадий). Помимо вышеуказанных разногласий появились и новые, связанные с отличиями в учении об оправдании, христологии и доктринальном значении библейского текста. Соединение Кальвина со швейцарской Реформацией, уход со сцены компромиссной группы западно-немецких богословов и подписание Формулы Согласия в 1577 г. означало завершение размежевания двух ведущих направлений европейского протестантизма. Отныне кальвинизм и лютеранство оказались в непримиримых — вплоть до XVIII в., т. е. до наступления эпохи Пиетизма — противоречиях, наложивших трагическую печать на судьбы немецкого протестантизма в первой половине XVII в.
Что касается сосуществования с католицизмом, то здесь временный, вынужденный и почти нигде в полной мере не принятый компромисс Аугсбургского Интерима 1548 г
., разработанный Иоганном Агриколой (введение причастия под обоими видами, разрешение брака для духовенства при сохранении в полной неизменности традиционной католической догмы), остался лишь фрагментарным явлением. Пассауский мир 1552 г. и Аугсбургское соглашение 1555 г. юридически упраздняли всякие обязательства, взятые лютеранами в 1548 г.