Споры резко обострились после того, как в 1552 г. в Гамбурге представитель ортодоксии Иоахим Вестфаль публично обвинил Меланхтона в связях с Кальвином. Меланхтон в свою очередь оставил без ответа письменное предложение Кальвина окончательно соединиться с ним в вопросах веры, что дало повод «гнесиолютеранам» считать его самого и его сторонников «молчаливыми», или «тайными», кальвинистами («крипто-кальвинисты»).
Авторитет Меланхтона еще сдерживал накал дискуссии, но после его смерти в апреле 1560 г. конфликт стал стремительно приобретать все черты настоящего раскола.
Противостояние Виттенбергского и Йенского университетов обострялось желанием династического реванша Эрнестинской ветви саксонских Веттинов, представители которого в лице сперва Иоганна Фридриха Среднего, а потом герцога Иоганна Вильгельма Веймарского претендовали на роль главных хранителей истинного наследия Лютера. Кульминации конфликт достиг на Вормском съезде, собранном в 1557 г. по инициативе Фердинанда I для поиска компромисса между католиками и лютеранами (см. I, § 2, 1), на котором вместо переговоров с католиками протестантские богословы начали споры между собой. В 1561 г. на съезде в Наумбурге представители Пфальца, альбертинской Саксонии и Веймара тщетно пытались прийти к соглашению по вопросу конфессиональной ориентации. Полным провалом окончилось и новое свидание между курфюрстом Августом и Иоганном Вильгельмом в Альтенбурге в 1569 г.
Между тем разгоравшиеся споры вредили общему положению евангелической церкви, не без основания побуждая католиков видеть в них признаки глубокого внутреннего кризиса. Встревоженные за судьбы веры князья, прежде всего курфюрст Август Саксонский, герцог Брауншвейг-Вольфенбюттельский Юлий Младший и Христофор Вюртембергский, с начала 70-х гг. хлопотали о достижении единства. Сумма внешних обстоятельств облегчала компромисс: еще в 1561 г. Флаций вынужден был оставить вследствие интриг преподавание в стенах Йенского университета, а спустя несколько лет, войдя в конфликт с герцогской властью по вопросу контроля над евангелическими церковными структурами, — и пределы самого герцогства. В 1574 г. курфюрст Август, считая себя введенным в заблуждение «филиппистами», очистил от последователей Меланхтона Виттенбергский университет и свое окружение (канцлер Краков, Симон Пойкер). В 1572 г. скончался Иоганн Вильгельм Веймарский, главный патрон «филиппизма» в Тюрингии, а в 1576 г. — курфюрст Пфальцский Фридрих III. Крупнейшие фигуры, знаменовавшие противостояние, уходили со сцены.
Среди богословов, нашедших в себе силы примирить враждебные направления, оказался канцлер Тюбингенского университета, влиятельнейший советник герцога