Наступление на Эль-Аламейн означало бы прекращение операции «Мальта» и утрату последней возможности захватить остров в результате непрерывных воздушных налетов 2-го военно-воздушного флота. Мальта оставалась незаменимой морской и воздушной базой для прикрытия британского конвоя по Средиземному морю и смертельной угрозой для итало-германского пути снабжения Северной Африки.
Роммель добрался до Эль-Аламейна в течение недели после падения Тобрука, после того как захватил Мерса-Матрух и Эль-Дабу. Теперь самый суровый кризис целой кампании достиг предела. Германская воздушная разведка обнаружила интенсивное передвижение британских войск в направлении Палестины. Средиземноморский флот бросил якорь в Александрии. На какой-то момент Роммель решил, что он захватил Александрию и, возможно, всю дельту Нила. Однако обе стороны зашли в тупик и остановились, не имея больше сил для дальнейшего движения. Британцы сумели соединить значительные силы, чтобы удерживать линию Эль-Аламейна, однако в течение последних месяцев лета они не смогли собрать достаточно сил, чтобы отбросить германцев назад. Со своей стороны Роммель был слишком слабым, чтобы продолжать наступление, и в большей степени из-за того, что его линии снабжения слишком растянулись, в то время как линии его противника сократились. Более того, морская служба снабжения танковой армии ослабла, как никогда.
В июле доставка на судах упала до 6000 тонн, что составило одну пятую от квоты. И вдобавок оказалось, что гавань Тобрука была недостаточно большой и что все равно нужно воспользоваться гаванью Бенгази. Расстояние по суше от гавани к фронту, таким образом, значительно увеличилось. Обратный поход колонны из Бенгази до фронта занял бы семь дней, а из Триполи – в два раза дольше, и это при том, что ехать пришлось бы по двенадцать часов в день.
При таких обстоятельствах началась битва за Эль-Аламейн, почти такая же, как в предыдущем году за Тобрук. Страшные скалы с тонким слоем пыли на них, никакого прикрытия, чтобы спрятаться от наблюдений или огня, изнуряющая жара, мириады мух, никакой свободы передвижения и каменистая почва, в которой невозможно окопаться. Еду можно было привозить только по ночам.
Черчилль полетел в Каир, чтобы самому разобраться в ситуации. Он сместил Окинлека, назначив на его место Александера, а вместо Ритчи поставил Монтгомери и наладил плотный, нескончаемый поток подкрепления 8-й армии. К середине августа кризис со стороны британцев был явно преодолен. В твердых руках заново укрепленная 8-я армия удерживала фронт от побережья до крутой обрывистой Каттарской впадины. Однако это не было единственной причиной поражения. Удар, нанесенный Роммелем 30 августа, провалился главным образом из-за дефицита бензина. Из-за неуверенности насчет бензина Роммель был готов забросить свой план об окончательной схватке, чтобы завладеть исключительно важной гаванью Александрии. Но в конце концов он доверился Кессельрингу, который пообещал ему каждый день по воздуху поставлять необходимое количество бензина. Кессельринг переправлял бензин и полагал, что полностью выполнял свои обещания, но на самом деле до армии доходило очень малое его количество, ибо воздушный транспорт сам использовал большую часть топлива по пути к позициям.