Роммель был почти у цели, когда танкер, перевозивший 7000 тонн бензина, был торпедирован непосредственно перед входом в гавань Тобрука. Это случилось, когда головной клин танковой армии проник в тыл врага и укрепился более чем в двадцати километрах от Александрии. Последствия этого были самые тяжелые. Почти целую неделю дивизии Роммеля неподвижно стояли за линией врага, словно пригвожденные к земле, неспособные сделать ни шагу ни вперед, ни назад. Воздушные налеты, которым подвергались в течение «этого шестидневного забега», как его называли солдаты, превысили почти все, что им приходилось переживать позже. Изо дня в день с семи утра до пяти вечера и с десяти вечера до пяти утра войска «кромсали», если воспользоваться выражением Роммеля, беспрепятственными ковровыми бомбардировками, а также их бомбили с низко летавших одиночных самолетов по ночам. Сам Роммель во время этого сражения имел ставку в трех километрах позади экстремальной линии фронта, и его несколько раз приходилось откапывать. Суровые потери, которые несла армия во время этого уничтожающего боя, особенно материальные, невозможно было восстановить во время битвы у Эль-Аламейна. Снабжение из месяца в месяц делалось все более скудным. Грубая ошибка, связанная со вступлением в Египет, прежде чем были обеспечены тылы посредством захвата Мальты, вскоре дала о себе знать. Это упущение сильно угнетало Роммеля, но еще больше германское Верховное командование, которое подтолкнуло Роммеля двигаться к Нилу. Временные планы – перебросить войска оси к египетской границе, то есть к линии Саллум – Хальфайя, – пришлось оставить из-за того, что не было средств транспорта для итальянской пехоты. Более того, любые такие предложения наверняка были бы отвергнуты Гитлером. Роммель хорошо осознавал опасность еще перед тем, как он настаивал в сентябре на необходимости немедленного ухода, подчеркивая невыносимые последствия неадекватного снабжения. Вдобавок к его письменному заявлению его рапорт завершился такими словами: «Если попытка доставить эти абсолютно необходимые для танковой армии припасы провалится, будет невозможно противостоять объединенным войскам Британской империи и Соединенных Штатов, то есть двум мировым державам. Несмотря на все мужество, армия раньше или позже разделит участь гарнизона Хальфайи». Единственный ответ, который был получен несколько недель спустя, пришел в форме телеграммы, подписанной полковником ОКВ, который просто отметил, что требуемый тоннаж слишком большой.
С конца сентября начались тяжелые атаки с воздуха, которые становились все более яростными, их главная цель – вывести из игры германские люфтваффе. Роммелем было сделано все возможное, чтобы подготовиться к ожидаемому нападению. Из-за отсутствия подкреплений эта подготовка ограничивалась укреплением позиций, особенно посредством заложения минных полей и перегруппировки резервов наиболее выгодным образом. Нельзя полагать, что отвод главных сил на тыловую линию перед началом сражения не был сделан из опасений, что первоначальный удар врага отразится на стойкости итальянской пехоты. Фронт в целом был укомплектован похожими германскими и итальянскими батальонами. Позади них стояли три резервных соединения, каждое из которых состояло из одной германской и одной итальянской танковых дивизий. Гроза разразилась в ночь на 24 октября и началась с бомбардировки из тысячи орудий, пустыня содрогнулась. Атакующие сначала набросились на итальянскую пехоту и вскоре вывели ее из строя, после чего они могли переключить внимание на окружение оставшихся островков германского сопротивления. Вечером 25-го Роммель вернулся, после того как его заместитель, самый отважный и смелый генерал Штумме, был убит на линии фронта.