В кампанию 1806 г., которая еще называлась Войной Четвертой антифранцузской коалиции, Клаузевиц выступил в поход все в той же должности адъютанта принца Августа, который в звании подполковника командовал гренадерским батальоном; сам Клаузевиц к тому времени носил звание штабс-капитана. Эта кампания оказалась неудачной и для всей прусской армии в целом, и для будущего военного теоретика в частности: 14 октября 1806 г. в ходе сражения при Ауерштэдте прусская армия потерпела сокрушительное поражение, а принц Август вместе со своим адъютантом оказались во французском плену. В плену у Клаузевица было достаточно времени, чтобы проанализировать действия как прусской, так и французской армий и попытаться определить причины столь серьезного и быстрого поражения. Результатом этих его размышлений стали «Исторические письма о крупных военных событиях в октябре 1806 г.» (
Наступил 1812 г., дело явно шло к тому, что Франция начнет войну против Российской империи, причем Пруссия будет вынуждена вступить союзницей Наполеона. Будучи верным последователем Шарнхорста, прусским патриотом и убежденным противником французов, Клаузевиц самовольно оставил место службы и отправился на восток, где был принят на русскую службу. Сначала он был определен в штаб генерала Карла Пфуля. Довольно скоро разработанный Пфулем план кампании был отвергнут, его штаб расформирован, а Клаузевиц направлен в состав действующей армии. Сначала он был зачислен в отряд графа Петра Петровича фон дер Палена, прикрывавшего отход 1-й Западной армии. С Паленом Клаузевиц принял участие в бою с французами под Витебском. Затем Клаузевиц был переведен в кавалерийский корпус графа Уварова и в его составе принял участие в не слишком удачном рейде русской кавалерии на фланге французской армии.
После бегства Великой армии Клаузевиц — так и не имея каких-либо конкретных обязанностей — был отправлен в Ригу к маркизу Паулуччи, а затем по собственной просьбе возвращен в действующую армию, на этот раз он поступил в распоряжение обер-квартимейстера I пехотного корпуса барона Ивана Дибича — будущего генерал-фельдмаршала и графа Забал канского. Дибич использовал Клаузевица — как бывшего прусского офицера — в ведении переговоров с руководством прусского вспомогательного корпуса, результатом чего стало подписание 30 декабря 1812 г. Таурогенской конвенции, что стало прологом к заключению прусско-русского союза.
Таким образом, прусскому офицеру Клаузевицу удалось стать не просто свидетелем, но и непосредственным участником кампании 1812 г., причем сражаясь в рядах русской армии, а не как большинство пруссаков — в Великой армии. Его анализ кампании, основанный в т. ч. и на личных впечатлениях, лег в основу его блестящей и многократно переизданной работы «1812» (
Казалось бы, теперь, после того как Пруссия стала полноправным членом Антифранцузской коалиции, ничего не мешало прусскому патриоту Клаузевицу вернуться на прусскую службу. Но все оказалось не так просто: дело в том, что в 1812 г. он — впрочем, таковых было довольно много — самовольно покинул прусскую армию, что прусский король Фридрих Вильгельм III однозначно определил как дезертирство (