Наконец, в апреле 1814 г. Клаузевиц был принят на прусскую службу с производством в полковники. После возвращения Наполеона во Францию в 1815 г. Клаузевиц был назначен начальником штаба III армейского корпуса генерала Йохана Тильмана. В его рядах он успешно сражался при Линьи и при Вавре, после чего корпус был выделен Блюхером отвлекать внимание группировки маршала Эмануэля Груши от основной прусской армии. Тильман и Клаузевиц успешно выполнили поставленную задачу — хотя их корпус и понес довольно тяжелые потери — и тем самым обеспечили Блюхеру возможность вовремя прибыть на поле боя при Ватерлоо и поставить точку в поражении Наполеона. Русское правительство отметило заслуги Клаузевица в борьбе с французами достаточно высокими для прусского полковника наградами: 23 января 1817 г. он был награжден орденом Св. Георгия 4-й степени, а также получил золотое оружие с надписью «За храбрость».
Следующие три года Клаузевиц возглавлял штаб Августа фон Гнейзенау — командира VIII корпуса в Кобленце. После окончания бесконечных войн неожиданно выяснилось, что все эти реформаторы и либералы не очень приходятся ко двору: по всей Европе в целом и в Пруссии в частности начался период некоторой реакции. Конечно, никаких репрессий против них не было, просто постепенно «реформаторов» стали смещать с командных постов, отправляя их прежде всего в военно-учебные заведения. В 1818 г. Клаузевиц был приглашен занять пост директора Общей военной школы (
В 1823–1824 гг. он выпустил «Сообщение о самой крупной катастрофе в истории Пруссии» (
Уже в июле того же года по всей Польше запылал пожар восстания, подавлять которое прусское командование направило обсервационный корпус под началом графа Гнейзенау, ставшего к тому времени генерал-фельдмаршалом. По старой памяти он пригласил к себе начальником штаба Клаузевица. Пруссаки двинулись в польские земли с запада, с востока в царство Польское вошли русские полки. Но оказалось, что вместе с русскими войсками в Польшу пришла и страшная эпидемия холеры. Жертвы исчислялись тысячами, а болезнь стремительно распространялась по всей Европе. Сначала болезнь настигла 70-летнего фельдмаршала — граф Август Нейдгардт фон Гнейзенау скончался в Позене 24 августа 1831 г. После его смерти Клаузевиц, как начальник штаба, принял на себя командование обсервационным корпусом. Но осенью 1831 г. он также почувствовал себя плохо. Врачи констатировали холеру. Тяжелобольной Клаузевиц отправился в Бреслау, где всего через несколько дней скончался. Это было 16 ноября 1831 г., генералу был всего 51 год.
Первоначально тело Клаузевица было погребено в Бреслау, который ныне находится на территории Польши и носил название Вроцлав. В 1971 г. прах генерала и его супруги был перезахоронен на Восточном кладбище его родного Бурга.
Важнейшие работы Клаузевица вышли уже после его смерти: в 1832–1837 гг. их на собственные средства издала его вдова Мария фон Клаузевиц, урожденная Брюль.
Ниже приводятся отрывки из предисловия к книге, по которой и дается публикация первых трех частей труда Клаузевица:
«Для меня было вопросом честолюбия, — говорит Клаузевиц об этом своем труде, — написать такую книгу, которую бы не забыли через 2–3 года, которую интересующиеся делом могли бы взять в руки не один лишний раз». Эта надежда Клаузевица осуществилась полностью: уже больше столетия живет его книга, создавшая автору заслуженную славу глубокого военного теоретика, философа войны. […]