В конце осени 1942 года он сказал Канарису: «Вы так же, как и я, знаете, что Германия не может победить в этой войне. Но на этот раз победоносная Британия потеряет Индию. Даже британцы не смогут нарушить свое обещание отказаться от своего господства над Индией, которое они по собственной воле дали в 1940 году». Когда Бозе осознал, что Германии больше нечего ему предложить в виде передовой базы на любом из ее театров военных действий в рамках его борьбы за освобождение Индии, он вошел в контакт с японцами, которые могли оказать ему больше содействия в осуществлении его политических планов. Японский посол Осима получил от германских властей неохотное согласие на отъезд Бозе. В феврале 1943 года он поднялся на борт немецкой подводной лодки U-190 и перебрался на японскую субмарину посреди Индийского океана. Из Японии он отправился в Бирму, а в июне 1943 года перешел индо-бирманскую границу с небольшой индийской армией освобождения и несколькими японскими частями; после краха Германии он все еще вел войну в джунглях против британцев.
Согласно официальному сообщению, он разбился, летя над Формозой в Японию на японском военном самолете. Позднее были сообщения, что он сейчас находится в Китае, но они, скорее всего, не заслуживают доверия.
После его отбытия сторонники Бозе в Германии оказались без лидера. В 1944—1945 годах их использовали в частях противовоздушной обороны и в качестве береговых патрулей на спокойных участках Западного фронта. Некоторым из них в конце концов удалось вернуться в Индию, а когда индийский премьер-министр Пандит (Джавахарлал) Неру торжественно поднял флаг независимой Индии в Дели в августе 1947 года, среди множества присутствовавших индийских солдат было несколько бывших товарищей по оружию националистического лидера Субхаса Чандры Бозе.
Все возрастающая интенсивность экономической войны в Атлантике и ее распространение на все моря, включая Антарктику, привели весной 1940 года к исследованию возможности атаки на вражескую военную экономику в Тихом океане.
Из японских источников поступали сообщения, что вольфрам и другие стратегически важные сырьевые материалы в растущих объемах отгружаются из восточноазиатских портов на суда Британии и нейтральных стран, направляющиеся в Британию. К наиболее активным портам были отнесены Шанхай, Кантон, Манила и те, что находятся в британских владениях на полуострове Малакка. Попытки нанести удары по этой торговле с помощью подводных лодок, действующих у африканского побережья, в целом оказались безуспешными. Добраться до китайских морей было за пределами возможностей немецких субмарин, так как их радиус действия был недостаточен для таких удаленных операций.
Но в те годы, когда Германия все еще поддерживала дружеские отношения с Советским Союзом, очень соблазнительный путь для переброски рейдеров (кораблей, нападающих на конвой) в Тихий океан представлял из себя Северо-восточный проход через Берингов пролив в обширные открытые тихоокеанские пространства. Благожелательная позиция Японии подкрепляла осуществимость этого плана, для успешного выполнения которого имелись две предпосылки: во-первых, рейдеры должны были проходить через Северо-восточный проход полностью закамуфлированными и незаметными; и, во-вторых, появившись в этих местах, они должны получить адекватную поддержку в Тихом океане и постоянно снабжаться информацией о смене морских торговых маршрутов в связи с военной ситуацией, о плотности вражеского судоходства в различных регионах и о различных мерах безопасности в авиации и радио, применяемых противником.
Перед началом войны по настоянию адмирала Канариса была установлена пробная связь между абвером и японской военно-морской разведкой. Но общая мировая ситуация в 1930-х годах была таковой, что представлялось маловероятным, что Германия будет способна вести крейсерскую войну с торговыми судами на Тихом океане в обозримом будущем. Сейчас, однако, германская разведслужба должна была в кратчайшее время обосноваться на Азиатском континенте и там организовать всестороннюю разведку на Тихом океане. Соответственно, было дано поручение одному офицеру абвера с указанием срочно организовать разведывательную сеть в портах Тихого океана, из которых непрерывную и своевременную информацию о передвижениях кораблей можно было бы посылать через штаб абвера в Берлине в Главное командование ВМФ. В связи с этим, частично из уважения к японскому нейтралитету и частично из-за растущей напряженности между Японией и Соединенными Штатами, а также чтобы не навлечь на Японию обвинений в помощи Германии в войне на Тихом океане, японские секретные службы тут не должны быть замешаны.