В операции "Нанни-Софи" впервые проявились очевидные слабости германского управления действиями кораблей в море, приведшие в дальнейшем к многочисленным ошибкам в ходе неудавшегося рейдерства "Бисмарка" и "Принца Ойгена", и практически во всех боевых выходах на Севере. Оперативное руководство тремя крейсерами осуществлял штаб группы "Запад" под командованием адм. Заавахтера, а тактически ими управлял командующий флотом адмирал Маршалль, находившийся однако на борту линкора "Гнейзенау", спокойно стоявшего в порту! Общая идея использовать крейсера для прикрытия операций эсминцев принадлежала именно Маршаллю, который не хотел упреков в бездеятельности, если британцам удалось бы перехватить отходящие после минной постановки силы. Однако состав сил прикрытия был явно недостаточным для боя с британскими кораблями этого класса. Маршалль подверг критике решение Льютенса остановиться для досмотра датского парохода, тогда как руководство группы "Запад" не возражало против ведения крейсерской войны в ожидании возвращения эсминцев с задания. Высшее начальство не распорядилось о выделении авиации для противолодочного патрулирования и прикрытия, а Льютенс совершил свою ошибку, отослав первую пару гидросамолетов на базу и не выпустив второй (он боялся останавливаться для приема "арадо" на борт, хотя приказал "Лейпцигу" досмотреть датский "Шарков" всего через полчаса!).
Так или иначе, но разведывательный отряд остался с двумя крейсерами - явно недостаточное количество для прикрытия, в связи с чем выходы кораблей этого класса в Северное море прекратились. "Нюрнберг" не смог принять участие в захвате Дании и Норвегии, а после "Учений на Везере" активность понесшего тяжелые потери германского флота упала почти до нуля. В распоряжение командования Кригсмарине оставалось всего 4 легких крейсера: "Нюрнберг", "Лейпциг", "Кельн" и "Эмден", из которых неполноценный "Лейпциг" и устаревший "Эмден" имели малое боевое значение. Именно это предопределило судьбу вполне боеспособного "Нюрнберга". Непригодный к крейсерским операциям, он оказался не слишком нужным ни в Норвегии, ни в Северном море. Правда, короткое время с июня по июль он базировался в норвежских водах, но активных выходов не совершал. Только в декабре 1940 г наметилась операция по минированию входа в пролив Скагеррак (практически рядом со своими базами!), которую должны были предпринять "Нюрнберг" и "Кельн", однако и она не состоялась. Хотя оба крейсера приняли мины и вышли в море 4 декабря, командование группы "Север" вскоре отозвало их из-за плохой погоды. Для легких крейсеров оставался единственный путь - на Балтику, в состав учебной эскадры.
С началом войны против СССР действия сосредоточенных в Балтийском море значительных сил, включавших линкор "Тирпиц", активизировались. В сентябре они пытались блокировать Финский залив от казавшегося возможным выхода советских надводных сил, причем "Нюрнберг" вместе с "Кельном" входили в состав северной группы, предназначенной непосредственно для боя с силами прорыва. Однако в отличие от "Лейпцига" и "Кельна", участвовавших в обстрелах берега, "Нюрнбергу" так и не удалось "понюхать пороха".
В конце осени 1941 г ОКМ, убедившееся в пассивности заблокированных крупных кораблей советских ВМС, сочло, что легкие крейсера все же следует попытаться задействовать более активно вместе с остальным флотом. (История этого вопроса подробно описана в истории "Кельна).
В начале 1942 г предполагалось поставить "Нюрнберг", как и "Кельн", на 6-недельную модернизацию (с 15 января по 28 февраля). Однако в конце концов модернизация приняла более значительные масштабы, и должна была занять не менее трех месяцев.