В те месяцы, когда лодки ожидали установки новой техники и вооружения, которые позволили бы им начать новый раунд битвы за Атлантику, они продолжали свою многогранную деятельность. На Дальнем Востоке была усилена группа лодок, базирующаяся с мая 1943 в Пенанге. Она потеряла свой танкер в январе 1945. После провала операций в Северной Атлантике стали невозможны походы блокадопрорывателей. Теперь 15 германских, несколько японских и итальянских лодок были переоборудованы для перевозки особо ценных грузов с Дальнего Востока. Однако большая часть их них погибла. Одна лодка была отправлена в Японию в качестве подарка, но она оказалась слишком сложной, и японцы не смогли ее скопировать.
В конце 1943 и начале 1944 года германские лодки усилили давление на мурманские конвои. Однако осенью 1944 года была потоплена последняя лодка в этом районе. В Арктику были переброшены новые подкрепления, чтобы парировать угрозу вторжения и для действий против мурманских конвоев, однако их успехи были невелики. В течение 8 месяцев в 1944 году обсуждались проблемы действий лодок в условиях, когда конвои сопровождают британские авианосцы. Дениц утверждал, что подводные лодки не смогут уничтожить их, но все-таки согласился выдвинуть несколько лодок на подходы к Скапа Флоу. Геринг утверждал, что его авиация слишком слаба, чтобы атаковать авианосцы, хотя и согласился перебросить несколько торпедоносцев в Норвегию. Ни одна из этих операций не повлияла серьезно на ход войны.
В марте 1944 года давление союзников стало настолько сильным, что командир U-852 после потопления торгового судна "Пелеус" обстрелял из пулемета спасшихся и обломки, чтобы скрыть все следы атаки. Чуть позднее в этом же походе его лодка была потоплена, а он попал в плен. 3 человека из экипажа "Пелеуса" спаслись. Они стали свидетелями на процессе, который завершился смертным приговором командиру лодки и артиллеристу. К чести германских подводников нужно сказать, что случай с "Пелеусом" был единственным проявлением жестокости с их стороны. Решительное сопротивление Деница не позволило реализовать идею Гитлера об уничтожении спасшихся экипажей. Приказ "Лаконии" не имел целью истребление людей, никто его так и не толковал. Несмотря на несколько неопределенную фразу "Спасательные действия противоречат основному требованию войны — уничтожению вражеских судов и их экипажей", этот приказ "Не спасать!" имел целью только увести лодки от атак с воздуха.
В июне 1944 тщательно спланированная операция дала союзникам еще одно прямое подтверждение возможностей подводных лодок. Американский эскортный миноносец "Шателейн" обнаружил и атаковал глубинными бомбами U-505. Поврежденная подводная лодка поднялась на поверхность. Ее палубы были обстреляны из автоматических пушек, а самолеты эскортного авианосца "Гуадалканал" угрожающе кружили над головой. Экипаж лодки бросился на борт, открыв кингстоны. На борту американских кораблей раздался древний клич: "На абордаж!" Группа моряков эскортного миноносца "Пиллсбери" высадилась на лодку, закрыла кингстоны, и U-505 стала первым вражеским кораблем, захваченным американцами за последние 100 лет. Самым ценным призом стала кодовая книга, оставшаяся на борту лодки.
Но подводные лодки продолжали сражаться. Несмотря на рост потерь, в конце 1943 — начале 1944 в море находились до 50 лодок ежемесячно. Весной 1944 началось использование шноркеля. Он не повысил ударную мощь существующих лодок, но позволил им заряжать батареи, не поднимаясь на поверхность. Приемник радиолокационного излучения ставился на головке шноркеля, что позволяло лодке хоть как-то "видеть". Подводную лодку, идущую под шноркелем, было трудно обнаружить асдиком. Но шноркель оставлял большой бурун, а временами самолеты просто видели подводную лодку на малой глубине, поэтому для переходов под шноркелем немцы предпочитали ночь. Подводная лодка с работающими дизелями не могла использовать свою гидроакустическую аппаратуру, поэтому в принципе полезный шноркель не стал панацеей.
Однако Дениц увидел в нем возможность нанести еще один удар по британским линиям снабжения. В мае 1944 группа лодок, оснащенных шноркелями, была послана в мелководные районы вокруг Британских островов, чтобы в случае атаки отлеживаться на дне между скал и рифов. Была достигнута определенная внезапность, поэтому после 1 июня были запрещены действия лодок, не оснащенных шноркелем. К сожалению, переход под шноркелем требовал гораздо больше времени и резко снижал эффективность лодок.