Ещё одной бедой в правлении Годунова было оскудение села. Заботясь о ратных людях, Годунов небрегал земскими делами. Спасаясь от земледельческой кабалы, многие крестьяне находились в бегах. Сельская Россия обезлюдела. Посланник английской королевы Елизаветы доктор гражданского права Флетчер, автор сочинений о России, свидетельствовал, что на дороге между Вологдою и Ярославлем он видел около пятидесяти обширных деревень, совершенно опустевших. Многие жители ушли за пределы государства — в казаки, иные ушли в леса, создавая раскольничьи секты. А в сёлах уцелевшие люди бедствовали и вымирали.
К этому времени сильно упало монастырское благочиние, а среди мирян пошатнулась вера. Были случаи, что и сами попы отпадали от веры и службу в церкви вели не по правилам. Это ли Не благодатная почва для лжеучителей и еретиков?
После разговора с Гермогеном Иов собрал освящённый собор, где был утверждён строгий порядок в самой церковной службе. В Москве учредили старост поповских. Обязанностью старост было наблюдать, чтобы в известные дни по всем церквам были молебны и обедни, чтобы в церквах не служили случайные люди, наймиты, чтобы не было вреда вере. А за старостами должны были следить протопопы. И хотя всё шло своим чередом и люди наслаждались пока миром и тишиной, многие понимали, что держава нуждалась в приливе свежих сил.
Так наступила зима 1598 года. Маленький, высохший за время болезни, с большой головой и кротким детским выражением на лице, Феодор мирно покоился на царской постели. В нём ещё трепетала жизнь. Он с трудом поднял глаза на патриарха Иова, второй раз спросившего его:
— Сын мой, кому приказываешь царство, нас, сирот, и свою царицу?
Бледные губы Феодора слабо шевельнулись. Чувствовалось, он собирался с силами.
— Во всём царстве и в вас волен Бог. Как ему угодно, так и будет. И в царице моей Бог волен, как ей жить. — И, помолчав немного, добавил: — И об этом у нас с ней улажено.
Это были его последние слова.
Гермоген, которого застала в пути пурга, прибыл после кончины царя. Он понял это по особенному волнению бояр, что стояли толпой в стороне и тихо переговаривались меж собой. Первым приблизился к нему патриарх Иов.
— Молись, чадо моё, за упокой души государя нашего. Не стало милостивца и молитвенника нашего...
По лицу Иова текли обильные слёзы. Гермоген перекрестился, сотворив короткую молитву, спросил Иова:
— На кого оставил нас царь?
— Великий государь вручил скипетр свой благоверной великой государыне Ирине Фёдоровне...
Едва успел Иов произнести эти слова, как его осадил стоявший сзади и всё слышавший дьяк Василий Щелканов, известный своими грубыми манерами и ненавистью к Борису Годунову. А тот, к недоумению многих, терпел его выходки. Его старшего брата, большого думного дьяка Андрея Щелканова, Борис сместил с должности, а его имение отписал в казну, хотя в своё время Андрей Щелканов способствовал его возвышению, и оба они, Борис Годунов и Андрей Щелканов, были в большой дружбе. И вдруг крутое падение с высоты. Щелканов-старший преждевременно умер, а младший здравствовал и не уставая злобствовал. После смерти Феодора он открыто принял сторону противников Годунова.
— Ты стал слепнуть, владыка. Тебе и помстился скипетр, — резко перебил патриарха Василий Щелканов. — Покидая сей бренный мир, Феодор отказал царство своей супруге Ирине да боярам. А кому скипетр достанется, на то будет решение Боярской думы...
— Замолкни, дьяк! Ты не по своему достоинству речи ведёшь! — резко остановил его Гермоген. — И разумей: перед тобою Патриарх всея Руси. Поклонись ему до земли да ступай восвояси...
Заметив, как надменно глянул на него князь Голицын, величественно вскинув красивую голову, Гермоген обратился к боярам:
— Дозвольте обратиться к вам, высокочтимые потомки древних русских родов! Или станем терпеть недостойные речи? Или допустим насеваться смуте?
Несколько человек обернулись к нему. Выжидающе, с любопытством смотрел на него простодушно-вальяжный Мстиславский[37]. Да не обманно ли его простодушие?
Неожиданно вперёд выдвинулся вертлявый сутуловатый князь Шаховской.
— Дьяк Щелканов дело говорил. Или не ведомо нам, каким обычаем Иов служил Годунову? Когда он был на Коломенской епископии, а потом на Ростовской архиепископии, превеликую милость к себе имел от Годунова. И кто его на патриархию возвёл? Или Гермогену о том не ведомо?
— Всё ему, потаковнику, ведомо! — откликнулся голос из толпы бояр.
— Твой злой язык, Шаховской, обличает тебя! Превеликая беда таится в злобе твоей... — заметил Крутицкий архиепископ. И слова эти спустя некоторое время окажутся пророческими.
Но в эту минуту раздвинулась занавесь между царскими покоями, и все увидели Годунова. Он, казалось, был вне себя: то всплеснёт руками, смеясь, то будто заплачет тихонько.
— Каков греховодник... От радости руками всплескоша... — заметил Василий Щелканов.
— Тсс... Идёт сюда.
— Тише... О чём-то толкует сам с собой...
Годунов был заметно похож на татарина. Резкая смуглота и резкие, словно застывшие черты с выступающими скулами. Заметив бояр, он ушёл за занавесь.