Проигранная война и торжество реакции очень угнетали Домбровского. Да и в домашних делах было немало трудностей: дороговизна достигла невероятных размеров, а у Домбровского было двое маленьких сыновей, жена снова ждала ребенка, здоровье ее было очень слабым. Действовала огромная усталость, накопившаяся за последние месяцы и годы. Все вместе привело Домбровского в состояние депрессии, которая сказалась в нескольких его письмах, относящихся к концу февраля — началу марта 1871 года. В'одном из этих писем есть следующее место: «Я так подавлен всем виденным, так обманут во всех своих надеждах и мечтах, так сломлен этой ужасной драмой целого народа, полного вдохновения и самопожертвования, обладавшего огромными материальными средствами, которых было бы достаточно для восстановления мира и свободы во всей Европе, но деморализованного и предательски проданного горсткой мошенников и бездарностей, что решил навсегда отказаться от общественной деятельности. Замкнусь в своей семье, буду для нее работать, воспитаю своих детей скромными и простыми людьми; научу их пренебрегать теми великими стремлениями, которые и в самом деле велики и прекрасны, но которые убивают человека физически и морально; постараюсь влить
В марте 1871 года трудящиеся осажденной французской столицы восстали и провозгласили Парижскую коммуну. Не прошло и нескольких дней, как Домбровского пригласили на военный совет в Центральном комитете Национальной гвардии для обсуждения вопроса о задачах вооруженных сил Коммуны. Позиция Домбровского на совете не только подтверждает его военные дарования, но и показывает, что он отчетливо разбирался в сложившейся ситуации и был гораздо более дальновидным и трезвым политиком, чем многие деятели Коммуны. Домбровский высказался за немедленную атаку Версаля, арест буржуазного правительства, роспуск потерявшего доверие страны Национального собрания и назначение новых выборов. Лишь некоторые участники дискуссии присоединились к Домбровскому. Пытаясь убедить остальных, он говорил: «Вы близоруки, вы видите не дальше, чем на два шага впереди себя... Раньше или позже, а бороться вам придется, но тогда будет уже поздно! Если же вы сейчас нападете на Версаль, вы будете хозяевами положения». Предложение Домбровского не было принято. Контрреволюция получила передышку и, располагая огромными материальными средствами, пользуясь прямой поддержкой пруссаков, начала быстро наращивать свои силы: с последних дней марта соотношение сил непрерывно менялось в пользу версальцев. 3 апреля была предпринята запоздавшая и неподготовленная попытка наступления на Версаль, закончившаяся поражением нескольких легионов Коммуны и гибелью двух ее выдающихся военачальников — Э. Дюваля и Г. Флуранса.
Накануне неудачного наступления Домбровский явился в ратушу, где помещались руководящие учреждения Парижской коммуны, и заявил о своем желании вступить в Национальную гвардию. Известный многим активным деятелям Коммуны, он сразу же был назначен командующим легиона, который формировал свои батальоны в XI округе Парижа. Приступая к исполнению возложенных на него обязанностей, Домбровский обратился к жителям округа со следующим лаконичным и красноречивым воззванием: «Граждане! По предложению гражданина Авриаля, члена Коммуны, военный делегат назначил меня командующим легионом. Рассчитываю на патриотизм и помощь граждан в моих усилиях по безотлагательной реорганизации на прочной основе отважных батальонов XI округа. Надеюсь, что эти батальоны никогда не перестанут служить опорой Парижской коммуны — зародыша Всемирной республики. Командующий XI легионом генерал Я. Домбровский».
Через четыре дня — 6 апреля — Домбровский был утвержден в должности коменданта Парижского укрепленного района. В первый момент это вызвало протесты нескольких батальонов Национальной гвардии, в значительной мере инспирированные бывшим комендантом Баржере, недовольным тем, что его сняли с этого поста. Обосновывая свой выбор, Исполнительная комиссия выпустила воззвание «К Национальной гвардии», в котором была дана краткая характеристика Домбровского и говорилось, что он, без сомнения, является талантливым военным специалистом и самоотверженным революционером. Быстрому росту авторитета Домбровского содействовало не столько это воззвание, сколько кипучая энергия, с которой он взялся за выполнение своих обязанностей, глубокое знание дела и необыкновенная храбрость, которую он проявлял при каждом появлении на передовых позициях.