Недолго думая, Щиров написал о том, что случилось с женой, в свою партийную организацию. На другой день его неожиданно направили в резерв ВВС, а потом назначили начальником Ташкентского аэроклуба. Фактически это было увольнение, поскольку аэроклуб находился в ведении ДОСААФ. Начальник и фронтовой друг сказал:
— Уезжай сегодня же, тебя, дурака, спасаем.
Уехал он туда один, так как отношения с женой окончательно испортились.
Щиров был обижен переводом в Ташкент. Среди причин, побудивших его к дальнейшим поступкам, по словам людей, знавших его по службе, не последнюю роль сыграло полученное на фронте тяжелое ранение в голову.
О дальнейшей судьбе Щирова впервые рассказал в 1988 г. в газете «Известия» известный юрист Ю. Феофанов. Эта статья буквально всколыхнула всю страну.
На рассвете 7 апреля 1949 г. пограничный наряд задержал неизвестного, который с тыла шел к границе.
Свою личность нарушитель скрывать не собирался. На заставе он предъявил документы на имя подполковника Щирова Сергея Сергеевича, Героя Советского Союза. Из 22 предметов, изъятых при обыске, 15 составляли награды.
В тот же день нарушителя отправили в Ереван, где его допросил майор госбезопасности Гришаев[132].
6 сентября того же года Щирова допрашивает в Москве следователь Морозов. Следствие набирало обороты, стараясь найти в прежних поступках подследственного следы большей вины. Припомнили Щирову случайную фронтовую встречу с французскими летчиками полка «Нормандия — Неман» в 1943 году и совместную встречу с югославским летчиком Литвощаком в ЦЦКА Нового, 1946 года. По версии следователя эти встречи могли толкнуть Щирова на путь измены Родине.
Припомнили летчику и связь с польской студенткой, которая училась в экономическом институте в Ташкенте. Однажды летчик хотел прокатить ее на Ут-2, но дежурный поднял тревогу, и ему не разрешили взлет. Из этого был сделан вывод, что уже тогда летчик имел намерение улететь с ней за границу. Хотя, чисто технически на Ут-2 дальше Ташкента улететь было невозможно.
Всплыла на следствии и давняя история, когда после вечеринки в Москве одна из девушек написала главкому ВВС дурацкое письмо, что будто бы во время воздушного парада Герой Советского Союза подполковник Середа собирается на своем истребителе врезаться в трибуну Мавзолея. Тогда от участия в параде Середу и Щирова, который также был на этой вечеринке, на всякий случай отстранили.
Обвинительное заключение от 25 октября 1949 г. звучало кратко: «Будучи враждебно настроенным к ВКП(б) и Советской власти, пытался изменить Родине, совершить побег за границу».
В тот же день старший следователь по особо важным делам МТБ СССР майор Левшин составил постановление, в котором предложил Щирова как изменника Родины направить в особый лагерь. Особое совещание при министре ГБ СССР назначило срок заключения — 25 лет.