Щирова ждал Воркутинский лагерь. Трагическая судьба Сергея Щирова продолжает волновать многих людей. Старшая сотрудница Воркутинского краеведческого музея. Т. Котик недавно разыскала его личное дело. Примерным арестантом Щиров не был. Этот человек уже ничего не боялся. В личном деле сплошные донесения лагерного начальства о нарушениях лагерного режима и дерзостях. Он, можно сказать, не вылезал из штрафного изолятора. Некоторые из его надзирателей в своих донесениях приводили и крамольные высказывания заключенного, типа: «история повернется в другую сторону, и тогда мы вас будем судить». Но это, как говорится, лишь цветочки. «Контрреволюционеры Щиров, Ливнич, Китайское, Оксюч-Бакулин в середине 1950 года создают в лагере повстанческую антисоветскую организацию «Всероссийский народно-трудовой союз (.ВНТС)», — читаем оттуда. Как зафиксировано в приговоре, своей целью организация ставит «подготовку заключенных к вооруженному восстанию с последующим свержением существующего в СССР политического строя. Для осуществления этого заговорщики выбрали и специальную программу, составили воззвание к солдатам и офицерам войск МВД и обращение к гражданам России, в которых тоже содержится призыв к вооруженной борьбе против Советской власти. Эти документы распространялись и среди заключенных».
За создание, как следует из приговора военного трибунала, этой антисоветской организации Щирова осудили в 1951 г. снова на максимально возможный тогда срок наказания 25 лет с поглощением первого срока плюс пять лет поражений в правах. Высшая мера наказания в то время, на его счастье, была отменена.
После завершения судебного процесса по этому делу заключенного переводят в Минлаг, в Инту. Но и здесь летчик-бунтарь не смиряется со своим положением. Опять сыплются жалобы надзирателей и охранников. Здесь он остается до 1953 года.
13 августа 1953 г. в связи со следствием по делу арестованного члена Политбюро Л. Берии по указанию Главного военного прокурора С. Щирова этапировали из Речного лагеря в Москву. Он сидит в Бутырской тюрьме.
В личном деле сохранилось заявление Щирова с просьбой предоставить ему свидание с проживающей в Москве женой, а также с дочерью. И, хотя никаких пометок и резолюций на сей счет нет, но очевидно, что такая встреча повлияла на решение военной прокуратуры. Пересмотр дела заключенного Минлага Щирова занял около двух с половиной месяцев.
В декабре 1953 г. прокурор Г.А. Терехов{Терехов ГА — зам. Главного военного прокурора, полковник юстиции.}, начавший заниматься пересмотром дела, вновь допросил Щирова:
30 декабря 1953 г. Щирова возвратили в Инту. 11 февраля 1954 г. Генеральный прокурор СССР РА Руденко внес протест на решение Особого совещания по делу С. Щирова. В протесте говорилось, что следствие велось под руководством Абакумова и Комарова, осужденных по делу Берии, что Щиров не был допрошен в более конкретной форме о причинах, толкнувших его на преступление, и вопрос о преступной роли Берии в его судьбе был обойден.