За его посадкой наблюдали с обеих сторон фронта. С немецкой стороны к берегу устремились два мотоциклиста. Над головой пилота просвистели пули. Хвост самолета чуть-чуть торчит из воды, как гребешок. Держась за стабилизатор, летчик разделся, одежду к нему прикрепил. Рядом — буль-буль-буль. Это продолжают немцы бить. Наши артиллеристы оказались на высоте и двумя выстрелами уничтожили их. Машут флажками, показывают, куда лучше плыть. Ночью сплавали за одеждой. Утром Меркушев пришел на свой аэродром. Там митинг: «Наш комиссар… геройски… Не забудем, товарищи! Отомстим!»
Весной 1942 г. комиссар отличился в районе Знаменки — стратегически важного железнодорожного узла. Болея малярией, он оставался на боевом посту.
9 мая 1942 г. во время очередного боевого вылета Меркушев был неожиданно атакован Me-109, но вовремя заметил атаку, скользнул и перевернулся через крыло. Немец набрал высоту и снова пошел в атаку. Меркушев пошел на боевой разворот. Из-за густых облаков появился Me-109. Самолеты стремительно сближались, но в последнюю секунду немецкий пилот круто взмыл вверх. Меркушев успел нажать на гашетки. Немецкий ас успел выпрыгнуть из горящего самолета, который упал у блиндажа командующего армией. Пилот, а им оказался кавалер Рыцарского Железного креста Герман Норке, был пленен.
Через два часа после этого боя Меркушев пошел на сопровождение штурмовиков, которые атаковали танковую колонну. Шесть ЛаГГ-3 с ходу атаковали свыше двадцати Me-109. Минут десять кружились в карусели. Одного из Me-109 поджег старший лейтенант Базаров. За другим, не выдержавшим и отвалившим из круга, устремился лейтенант Смагин и сбил его. В азарте погони летчик не заметил, как три Me-109 зашли ему в хвост и взяли в клещи. Летчик к тому времени расстрелял все патроны и решил было пойти на таран, но на помощь ему пришел Меркушев.
«Держись, брат! Атакую твоих конвоиров», — передал Меркушев и сразил того, что шел сзади.
В третьем боевом вылете за этот день, отражая налет бомбардировщиков, группа ЛаГГов (Меркушев, Смагин, Базаров, Шупин, Ветерок, Лажипин) в течение 50 минут вела с ними и сопровождавшими их истребителями бой. Лейтенант Буряк сбил Me-109, летчик с которого выпрыгнул на парашюте и был взят в плен.
С 7 по 13 мая 1942 г. подразделение Меркушева в воздушных боях сбило семь Me-109 и два Ю-87, а потеряло всего один самолет.
За отличную боевую работу на Крымском фронте и восемь лично сбитых самолетов противника комиссар Меркушев был награжден орденом Ленина. С сентября 1942 г. он участвовал в боях на Закавказском фронте, а в январе 1943 г. его назначили заместителем командира авиаполка по политчасти.
Летом 1943 г. Меркушев получил повышение — стал командиром 270-го иап, летчики которого в то время переучивались на самолеты Як-1. Вскоре полк был передислоцирован в район Белгорода.
Меркушев прибыл в полк 4 июля. На следующее утро поднялся с 1-й эскадрильей, потом со 2-й, затем с 3-й. До вечера сделал пять боевых вылетов. Посмотрел в воздухе, кто чего стоит.