Выполняя указания Ставки ВГК, командующий войсками 4-го Украинского фронта генерал армии Ф. И. Толбухин решил нанести главный удар с Сивашского плацдарма силами 51-й армии генерал-лейтенанта Я. Г. Крейзера в общем направлении на Симферополь и далее на Севастополь. Войска 2-й гвардейской армии генерал-лейтенанта Г. Ф. Захарова, находившиеся на Перекопском перешейке, должны были нанести удар в общем направлении на Севастополь, а частью сил очистить побережье на участке от Ишуни до Евпатории. На направлении главного удара для развития успеха в бой предполагалось ввести танковые бригады 19-го танкового корпуса генерал-лейтенанта И. Д. Васильева, перед которыми была поставлена задача развивать наступление на Джанкой и овладеть Симферополем. Нанося удар частью сил на населенные пункты Сейтлер и Карасубазар, танковые подразделения должны были прикрывать левое крыло фронта на случай возможного контрудара противника со стороны Керчи.
Командующий Отдельной Приморской армией генерал армии А. И. Еременко, в соответствии с указаниями Ставки ВГК, решил, как он пишет в своих мемуарах, «одновременными ударами севернее и южнее сильно укрепленного населенного пункта Булганак прорвать оборону противника и развить наступление вглубь Керченского полуострова в направлении на Владиславовку, Феодосию». Ему предстояло в кратчайший срок очистить Керченский полуостров от противника и основными силами развивать наступление в направлении Симферополь — Севастополь, а частью сил наступать вдоль побережья Черного моря в целях преграждения отхода немецких войск к морю.
В операции активное участие принимали части и соединения 4-й воздушной армии генерал-полковника авиации К. А. Вершинина, корабли Черноморского флота под командованием адмирала Ф. С. Октябрьского и Азовская военная флотилия контр-адмирала С. Г. Горшкова, которым предстояло в ходе операции нанести удары по коммуникациям противника подводными лодками, авиацией и катерами. Координацию действий войск осуществляли представители Ставки Верховного главнокомандования Маршалы Советского Союза К. Е. Ворошилов и А. М. Василевский.
Войска 4-го Украинского фронта и Отдельной Приморской армии к началу Крымской наступательной операции имели в своем составе 30 стрелковых дивизий и две бригады морской пехоты, что составляло в общей сложности около 470 тысяч человек, до 6 тысяч орудий и минометов, 559 танков и самоходно-артиллерийских установок. Их поддерживали 1250 самолетов 8-й и 4-й воздушных армий и авиация Черноморского флота. К началу операции советские войска превосходили силы противника в людях — в 2,4 раза, в орудиях и минометах — в 1,7 раза, в танках и самоходных орудиях — в 2,6 раза, в самолетах — более чем в 8 раз{110}.
В марте 1944 г. торпедные катера, скрытно переброшенные в Каркинитский залив с военно-морских баз, расположенных на Черноморском побережье Кавказа, начали действовать на коммуникациях противника, соединявших Крым с Одессой и портами западного побережья Черного моря. Появление советских торпедных катеров на морских путях кораблей и судов противника из Севастополя в Одессу стало для него полной неожиданностью.
С началом боев за освобождение Крыма Ставка ВГК поставила перед Черноморским флотом ряд новых задач. Они заключались прежде всего в том, чтобы активно уничтожать корабли противника в бассейне Черного моря, перерезать все вражеские коммуникации, связывавшие Крым с Румынией, а также оказывать поддержку сухопутным войскам на приморских флангах. На Азовскую военную флотилию возлагалась задача по перевозке войск и боевой техники Отдельной Приморской армии на ранее захваченный плацдарм в район Керчи, а также высадке десантов на Керченский полуостров.
Началу боевых действий в Крыму предшествовала большая подготовительная работа: тщательно изучались оборона противника и группировка его сил, подвозились и накапливались запасы боеприпасов, технического имущества и продовольствия. В войсках и штабах проводились занятия по организации прорыва долговременной обороны противника.